Люфтваффе выпало задание перевозить парашютистов и армейские части в Осло, Берген, Ставангер, Кристиансанн и Ольборг, защищать эшелоны морских транспортов и высадку на берег от вражеских ВВС и поддерживать наземные войска в боях с вражеским сопротивлением. Другими первоочередными задачами были разведка и эксплуатационная готовность аэродромов, организация зенитной обороны, защита воздушного пространства, контроль морских областей в поисках вражеских подводных лодок. Против английских воздушных соединений на ютландские и норвежские аэродромы должны были быть переведены и находиться там в состоянии готовности подразделения истребительной и штурмовой авиации. Требовались боевые соединения для разгрома скоплений вражеских надводных вооруженных сил в районе проведения операции. Необходимо было предоставить в распоряжение воздушное пространство для транспортировки больших армейских соединений с вооружением. Таким образом, для военной авиации был поставлен ряд совершенно новых задач. До сих пор было обдумано только теоретически использование в большем объеме парашютистов и воздушно-десантных войск, сотрудничество с армией и военно-морским флотом. Спорный вопрос, находилась ли на верном пути организация германского вермахта с обоснованием независимой военной авиации, мог бы получить ответ только на практике.

За подготовительные работы и проведение операции по захвату Дании и Норвегии отвечал командир X авиационного корпуса генерал-лейтенант Гейсслер. Его мероприятия должны были происходить в согласовании с оперативными штабами военно-морского флота и армии. X авиационному корпусу были выделены следующие соединения: боевые эскадры 4, 26, 30-я, 100-я группа боевой эскадры, три отделения зенитных пушек, один батальон парашютистов, семь авиатранспортных групп, по одной транспортной эскадре – соответственно наземной и морской. Если эти соединения еще не стояли в своих немецких гаванях, то они прибыли туда 8 апреля. Для налаживания системы аэродромного обслуживания были предусмотрены воздушный штаб округа для особого применения 300 – для Дании и воздушный штаб округа для особого применения 200 – для Норвегии, три моторизованные роты из полка генерала Геринга подчинялись в решении наземных задач X авиационному корпусу. Летный бензин, бомбы и тяжелые зенитные пушки должны были быть доставлены в так называемом «экспортном эшелоне» по морскому пути в Нарвик, Тронхейм и Ставангер, а для остальных гаваней – последующими морскими транспортными эшелонами. Группы авиатранспорта нужно было формировать 6 апреля и готовить днем позже в гаванях, транспортные группы парашютистов – только 8 апреля. Старт авиатранспортных соединений должен был происходить 9 апреля в 1 час. Разведка над морем была проведена по распоряжению командования морской группы «Запад» руководителем морских военно-воздушных сил «Запад» и X авиационным корпусом. При группе XXI и XXXI высшем командовании особого назначения находились штабы связи с летчиками, так что сотрудничество с другими родами войск, кажется, было гарантировано.

Круг офицеров, участвовавших в подготовительных работах, был настолько узким для сохранения тайны, что командующий военной авиацией узнал о запланированной операции только после подписания директивы «Учение Везер». Геринг, который очень давно знал от Розенберга, что подготовка в этом направлении шла полным ходом, был глубоко уязвлен и пожаловался 2 марта Гитлеру на начальника Верховного командования вермахта, предположив, что тот исключил его по личным причинам. Прежде всего, Геринг высказался против любого подчинения соединений военной авиации группе XXI. 4 марта Йодль в разговоре с начальником Генерального штаба военной авиации генералом Ешоннеком добился согласия по организационной форме, что все участвующие в операции «Учение Везер» силы военной авиации подчиняются X авиационному корпусу и – соответственно требованиям группы XXI – должны получать приказы от главнокомандующего военной авиацией. Распоряжение от 14 марта принципиально урегулировало приказные отношения и разграничения трех родов войск.