Субъективно население на Востоке ощущало разницу между отношением к нему солдат – руководствовавшихся практическими соображениями в деле достиждения победы в войне – и большей частью немецких властей. Но относительно мягкая политика армии едва ли могла уравновесить другие, заметно более негативные явления, которым подвергались люди. Одними из самых существенных таких явлений стали массовые ликвидации, проводимые айнзацгруппами гиммлеровских СД.

Их история более известна, чем большинство аспектов восточной трагедии. Недаром истребление миллионов мужчин, женщин и детей было названо «самым ужасным преступлением в современной истории». Можно сколько угодно критиковать справедливость Нюрнбергского процесса, но уличить его в преувеличении варварств айнзацгрупп нельзя. Эти группы особого назначения, сформированные примерно за четыре недели до начала вторжения, следовали за армиями на Восток с целью истребления евреев, коммунистических лидеров и других «нежелательных» элементов. Один из четырех командиров айнзацгрупп, Отто Олендорф, заявил, что в течение первого года кампании группа под его командованием ликвидировала около 90 тысяч мужчин, женщин и детей. Деятельность этих команд была продиктована не военной необходимостью, а исключительно идеологическими соображениями.

Каким бы ни было отношение советского населения к своим еврейским согражданам и даже к комиссарам, эффект от зверств айнзацгрупп, по-видимому, был поразительно схожим в большинстве районов. Они порождали ужас, неверие и, наконец, страх того, что никто не может быть в безопасности, никто не застрахован от террора. СС стали самой презираемой и самой опасной немецкой организацией; а остальные немецкие ведомства следовали за ними по пятам, тщетно пытаясь убедить людей в том, что эти целевые группы «не имеют отношения к немецкому народу». Глубокий и непоправимый урон уже был нанесен.

Одним из самых примечательных, но наименее изученных аспектов войны является борьба советских партизан против оккупационных сил. Поначалу основная масса населения на оккупированных территориях, по-видимому, слабо поддерживала партизанские отряды, сформированные советскими властями. Первые партизанские отряды часто распадались и сдавались. Немецкое вторжение пришло с такой скоростью, что системная организация партизан была сильно подорвана. Последующий рост партизанского движения, хоть оно и получало материальную поддержку со стороны советской власти, был возможен только после того, как были выполнены два условия: немецкая политика в отношении военнопленных стала достаточно известной, чтобы побудить многих отставших солдат Красной армии внести свой вклад в партизанское движение вместо того, чтобы сдаться немцам; а немецкая политика в отношении гражданского населения стала настолько беспощадной, что все больше рядовых солдат предпочитали опасности партизанской войны «гражданской жизни» под немцами. Однако уже на первых этапах войны применение немцами грубой силы и террора в борьбе с партизанами подстегнуло значительное количество отставших красноармейцев примкнуть к партизанскому движению.

Относительная непопулярность партизан в первые месяцы войны ставит особый взгляд на усилия Германии по их устранению. Порожденная военными соображениями, а также ощущением физической опасности, изоляцией и самообороной на оккупированной земле, решимость немецкой армии зачистить партизан «любой ценой» демонстрирует некую двойственность. Тот самый утилитарный подход, в свое время раскритиковавший приказ о комиссарах и «колониальную» политику за то, что они лишь укрепили врага, теперь настаивал на проведении армией «профилактики террором». Однако террор и неистовое запугивание вынудило значительную часть населения вернуться в советский лагерь.