Его однофамилец Е. А. Белов исследовал подлинник следственного дела, но, хоть он и посвятил событиям в Угличе отдельную публикацию, относительно внешнего вида материалов дела мнение свое не высказал, ограничившись разбором содержания показаний и действий участников следствия и оценкой мнения авторов иных публикаций, посвященных данной теме56.

В. К. Клейн57, исследовавший материалы следственного дела в начале XX столетия, и проводивший работу по изучению первоисточника полвека спустя А. П. Богданов58 по результатам своих исследований утверждают, что дошедшее до нас дело изготовлено в то время, когда и произошла угличская трагедия. Оба исследователя подробно описали результаты своей работы, постарались довольно тщательно обосновать выводы, к которым пришли в ходе своей работы, поэтому оснований не доверять их трудам у нас не имеется.

В. К. Клейн, проведя дипломатическое исследование подлинных документов, пришел к следующим результатам.

Бумага, на которой зафиксированы следственные действия, преимущественно итальянского производства и относится к XVI веку. Изначально к порче документов, составляющих все дело, привело плохое обращение с ним, в результате чего, поврежденное излишней сыростью, дело расклеилось и порвалось на части59.

А. П. Богданов провел комплексное исследование подлинника дела с целью реконструкции хода и содержания обыскных мероприятий, произведенных следственной комиссией. Исследователя интересовали вопросы о подлинности дела, его авторстве, времени и месте создания, а также соответствие текста документа, представленного 2 июня 1591 г. (Обыскное дело) Освященному собору тексту обыскного дела, явившемуся результатом документирования работы Обыскной комиссии в Угличе60.

В ходе исследования была проведена почерковедческая экспертиза,

По результатам своего исследования Богданов пришел к следующим выводам: обыскное дело целиком написано на бумаге, бытовавшей в России в начале 90-х годов XVI века; в деле имеются как черновые листы, так и перебеленные. Подлинник дела был написан и отредактирован в Угличе; обыскное дело не могло быть написано в той последовательности, в которой оно было доложено 2 июня 1591 г. в Москве.61

В основном дело составлено во время непосредственно ведения следствия, хотя часть листов с опросными речами являются беловым вариантом. В то же время исследователь обращает внимание на то, что перебелены они могли быть как в Москве, так и в самом Угличе, а уже оттуда, вместе с остальными материалами в виде свитка доставлены в столицу.

Писцы пользовались общими запасами бумаги, причем каждый из них брал столбцы из заранее нарезанной пачки листов. Все писцы комиссии работали сначала над черновыми записями показаний, и лишь затем перешли к их переписке. Таким образом, и в расположении почерков выявляется общая закономерность, заметно увеличивающая вероятность частных выводов, сделанных в ходе реконструкции дела.

Доктор юридических наук, профессор Леонард Михайлович Колодкин обращает внимание на то, что уже в начале XVIII века дело было без начала и носило на себе не только разрушительные следы времени, но и следы сознательной подтасовки фактов. В частности, некоторые страницы носят следы изъятия части текста, в результате чего размер листов иногда наполовину меньше стандартного листа. По мнению исследователя, вряд ли дело, адресованное царю и Освященному Собору, писали на обрывках. Кроме того, считает Л.М. Колодкин, подготовка дела к докладу велась следователями в условиях крайнего дефицита времени, что стало причиной некоторых промахов – не все «зацепки» удалось убрать