Начало научной деятельности И.Я. Фроянова приходится на 1960 – 1970-е годы. Это было своеобразное время. С одной стороны, доминировала уверенность в незыблемости основных концептуальных положений, оформившихся в марксистской исторической науке и превратившихся в совокупность догматов в середине 1950-х – первой половине 1960-х годов. С другой – все больше и больше исследователей начинали тяготиться излишней детерминированностью и жесткостью пятичленной формационной концепции. Следствием этого явились активизировавшиеся с 1960-х годов попытки ее корректировки, выразившиеся в выделении межформационных периодов, поиске новых формаций и т. п. В рамках этих поисков возобновляется прерванная на рубеже 1920 – 1930-х годов дискуссия об азиатском способе производства, а А.И. Неусыхин, на новом уровне осмысления, вновь поднимает вопрос о существование особого «дофеодального» периода, предшествующего классовому обществу. Не остались без внимания и «надстроечные явления» в частности проблема генезиса государственности. А.И. Неусыхин высказал мысль о том, что т. н. «варварские королевства» в Европе представляли своеобразную форму государственности («варварское государство»), которые не являлись классовыми по природе. Тогда же М.А. Виткин высказал мнение о том, что государство на Древнем Востоке возникает еще до оформления классового общества.)

Происходят постепенные сдвиги и в изучении проблем перехода от феодальной формации к капиталистической. Своеобразным подведением итогов здесь стала Всесоюзная дискуссия, проходившая 2 – 4 июня 1965 года в Москве. Авторы коллективного доклада (И.Ф. Гиндин, Л.В. Данилова, И.Д. Ковальченко, Л.В. Милов, А.П. Новосельцев, Н.И. Павленко, М.К. Рожкова, П.Г. Рындзюнский) выступили против попытки подтягивать процессы, протекавшие в России, к аналогичным процессам в передовых странах Европы. Формирование капиталистического уклада в России и начало переходного этапа к капитализму они отнесли не ранее чем к 60-м годам XVIII столетия. Это был известный выпад как против господствующей точки зрения, основывающейся на ленинской периодизации, о генезисе капитализма с XVII века, так и против С.Г. Струмилина и Д.П. Маковского, возводивших указанные процессы к рубежу ХV – ХVI веков. К сожалению, в последнем случае авторы доклада за действительными недостатками не усмотрели, пусть слабую, тенденцию к отказу от линейного понимания исторического процесса. Эту тенденцию не только заметил, но и четко выразил А.С. Сумбатзаде. С одной стороны, он выступил против попыток ускорить исторический процесс, с другой стороны, указал на зигзагообразность экономического развития. «С этой точки зрения, если посмотреть на историю России, я думаю – говорил он, – что в ХV – ХVI веках, даже в начале XVII века, в России для развития элементов и отношений капитализма, может быть, были гораздо большие возможности, чем во второй половине XVII и первой половине XVIII века». Обоснованность подобного подхода была подтверждена исследованиями Н.Е. Носова, обнаружившего зачатки капиталистических отношений в черносошных районах Севера конца ХV – ХVI века. В сходном направлении работал М.Я. Волков, увидевший в истории России XVII века альтернативу социально-экономического развития по феодально-крепостническому или по буржуазному пути.

Наконец, в 1960-е годы оформляется так называемое «новое направление» в советской историографии, представители которого перенесли акцент с изучения зрелых форм капитализма в России начала XX века на анализ «взаимодействия» и «сращивания» передовых форм капитализма с остатками докапиталистических укладов. В этой связи по-иному представала роль различных социальных слоев в революционных потрясениях, в том числе рабочего класса и крестьянства. Характерно, что, обращаясь к ранним периодам отечественной истории, представители «нового направления» опирались на положения уже упоминавшихся Л.В. Даниловой, Н.И. Павленко и ряда других сторонников теории позднего становления капитализма в России.