Возглавляет Министерство Министр юстиции, который входит в состав Правительства. Его заменяют первый заместитель и заместители Министра. Первый заместитель курирует работу Департамента организации и контроля, Департамента по делам некоммерческих организаций, а также Департамента государственной службы и кадров. Основные задачи первого Департамента состоят в организации управленческой деятельности Министерства, координации, и осуществления контроля деятельности территориальных органов, а также обеспечение режима секретности. Второй Департамент осуществляет такие функции как регистрация некоммерческих организаций, контроль за их деятельностью, а также объединений, политических партий, и религиозных организаций их уставным целям. Последний же, – решает задачи обеспечения прохождения федеральной государственной гражданской службы в Министерстве, организации и осуществление кадрового обеспечения, а также проведение проверок в отношении служащих структурных подразделений Министерства.

Правовой основой деятельности Департаментов Министерства юстиции являются одноименные с ними положения, которые утверждаются Приказом Министерства страны. Например, правовой статус Департамента по делам некоммерческих организаций определен соответствующим Положением. [6]

Следуя структуре, можно кратко обозначить основные функции Департаментов, которые также вытекают из их названий. Так Департамент экономического законодательства реализует обеспечение гармонизации законодательства страны с актами Евразийского экономического сообщества, Таможенного союза и Единого экономического пространства. Департамент конституционного законодательства обеспечивает функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере территориального устройства страны. Департамент регистрации ведомственных нормативных актов реализует обеспечение единства правового пространства страны, и соблюдение законности при принятии нормативных актов. Департамент по вопросам правовой помощи и взаимодействия с судебной системой обеспечивает реализацию государственной политики, правовое регулирование и контроль в сферах адвокатуры, нотариата, ЗАГС, оказания юридической помощи, судебно-экспертной деятельности. Департамент развития законодательства, осуществляет мониторинг применения права, обобщения, анализа, изучения и экспертной оценки информации о состоянии законодательства и правоприменительной практики, выработки предложений по совершенствованию законодательства страны, участие в пределах своих полномочий в разработке общей стратегии государственной политики в сфере деятельности Министерства.

Отдельно стоит выделить судебно-экспертные учреждения, и научный центр правовой информации при Министерстве юстиции. Основной задачей первых является защита интересов государства, прав и свобод гражданина, прав юридического лица посредством проведения судебных экспертиз и различных экспертных исследований. Задачами последнего являются обеспечение прав физических и юридических лиц на получение информации о правовых актах страны.

Департамент уголовного, административного и процессуального законодательства организует и координирует работу по проведению антикоррупционной экспертизы проектов нормативных актов. Департамент управления делами обеспечивает финансовыми и материально-техническими средствами Министерство, а также контролирует их использование. Задачами Департамента международного права и сотрудничества является проведение в жизнь политики по укреплению связей в сфере международного права и сотрудничества. Департамент нормативно-правового регулирования, анализа и контроля в сфере уголовных наказаний и судебных актов реализует государственную политику и правовое регулирование в сферах исполнения уголовных наказаний и содержания под стражей, включая осуществление координации и контроля деятельности подведомственных Министерству Федеральной службы исполнения наказаний и Федеральной службы судебных приставов.