Помимо спецшколы ЦК КП(б) при штабе Карельского фронта, ЦК ЛКСМ республики занимался подбором кадров для специальной разведшколы НКВД – НКГБ КФССР, расположенной в поселке Шижня около Беломорска. Спецшкола входила в ведомство 4-го отдела НКВД, который считался самым секретным – он готовил разведчиков, диверсантов, радистов. Андропов принимал непосредственное участие в отборе и рекомендации кандидатов в школу разведчиков и диверсантов, в подготовке диверсионных групп. Группа Кириченко (4 человека) 26 августа 1941 г. десантирована в район села Большие Горы Олонецкого района, ее бойцы взорвали мост, повредили телефонную связь. 4 сентября 1941 г. в район Сямозеро была произведена заброска группы Хусконена (НА РК.Ф. 2730. Оп. 1. Д. 4. Л. 5).

Подготовка в разведшколе происходила по специальной программе, состоявшей из общевоинской (полевой устав, изучение различных видов оружия, подрывное дело, топография, курсы рукопашной борьбы и медицинской помощи), а также оперативно-тактической подготовки (курсанты учились читать карту и ходить по азимуту, овладевали навыками ведения разведки, основами партизанской тактики, знакомились с методами работы финляндской контрразведки). Парашютная подготовка (теория и прыжки) отрабатывались на полигоне около города Онега Архангельской области. Обучение радиоделу первоначально проходило на полугодовых курсах в Москве, но, начиная с декабря 1942 г., курсы радистов стали функционировать при 4-м отделе НКВД КФССР. В октябре 1941 г. подготовленные кадры диверсантов вошли в состав специального отряда НКВД, имевшего условный номер 45 и располагавшегося в поселке Шижня Беломорского района. Первые два года им командовал Изотов З.С., затем опытный чекист Райманников В.И. К концу 1941 г. в разведшколе прошли обучение 196 человек, из которых было сформировано 15 диверсионных групп. Кроме того, при районных отделениях НКВД было создано 58 групп общей численностью 399 человек (см.: Степаков, 2004: 98).

Методика подготовки разведгрупп имела практическую направленность: за месяц до выхода на задание отобранные в группу разведчики вывозились в изолированные учебные пункты (Сегежа, Руйга, Летний), где под руководством оперативных работников проходили совместную подготовку по планам, согласованным с НКВД. В ходе подготовки к рейду отрабатывалась легенда каждого разведчика, изучалась обстановка в предполагаемом районе действий (маршруты движения, схемы расположения домов, списки жителей, рекомендательные письма, пароли), проводились тренировочные походы и сеансы радиосвязи. В состав разведывательных и диверсионных групп включалось, как правило, 2–3 человека, иногда 5–7 человек. Лишь в очень редких случаях численность групп доходила до 15–20 человек. Разведчики, как правило, свободно владели финским или карельским языком и хорошо ориентировались в той местности, на которой им предстояло действовать.

За весь период боевых действий 1941–1944 гг. в тыл противника было заброшено 78 разведывательных и диверсионных групп НКВД – КГБ Карело-Финской ССР (в апреле 1943 г. из НКВД выделился Наркомат госбезопасности – НКГБ). Разведчики понесли значительные потери: при переброске погибли 22 человека, пропали без вести 36 человека, попали в плен – 109 (из них 14 оказались изменниками), расстреляны финнами – 11 человек. После выполнения заданий вернулось лишь 45 человек (см.: Степаков, 2004: 112).

По оценке Андропова, осенью 1941 г. – в начале 1942 г. был накоплен опыт подпольной работы. Первоначальная практика оказалась далеко не всегда позитивной. Оставленные в период отступления в оккупированных районах подпольщики не имели необходимой подготовки для работы в тылу врага. В условиях жесткого оккупационного режима некоторые из них не проявили активности, отсутствовала связь. Недостатком опыта организации подпольной работы объяснялся провал подпольной группы в Петрозаводске. Ее возглавляли член ЦК ЛКСМ республики, зам. секретаря Зарецкого райкома Васса Киселева и зав. учетом Петрозаводского горкома Анна Державина, оставленные для работы в подполье. Персональная самокритика Андропова выражалась в отсутствии должной подготовки подпольных групп, излишней поспешности, что приводило к неосторожности, растерянности в «особо острых моментах» (РГАСПИ. Ф. М-1. Оп. 53. Д. 187. Л. 95, 134). Однако анализ ошибок и просчетов в организации подпольной деятельности в тылу врага в первые месяцы войны позволил извлечь необходимые уроки. Андропов сформулировал правило, которое в полной мере можно отнести к участникам подпольной работы. В одной из своих статей в журнале «Смена» он написал: «Быть смелым – это не значит очертя голову бросаться вперед. Только умелое сочетание смелости, осторожности и точного расчета дает положительный результат. Тот, кто все предусмотрит и не растеряется ни при каких обстоятельствах, оказывается хозяином положения» (Андропов, 1983: 23).