Книгу «Язык революционной эпохи» не одобрили ученые старой школы. Пожилой академик Б. М. Ляпунов считал: «При всем уважении к эрудиции и умению живо и интересно излагать, невольно приходит мысль, что автор, выбирая тему, руководствовался практическими соображениями». Но наверху книга первоначально была встречена хорошо, была премирована и включена в списки литературы для студентов. Однако вскоре ситуация изменится.

В начале 1929 г. Селищев был избран членом-корреспондентом Академии наук СССР. Но после спокойных годов НЭПа начались годы «культурной революции», и работать становилось все труднее. Как-то Селищева вызвал тогдашний ректор МГУ А. Я. Вышинский и предъявил две претензии: на занятиях по старославянскому языку используются религиозные тексты, и кафедра Селищева не следует «новому учению» Марра. По поводу текстов удалось объяснить ректору, что ничего другого на этом языке просто нет, но требование о внедрении марризма осталось. Однако Афанасий Матвеевич и его не выполнил: он всегда был противником «нового учения», хотя, в отличие от Е. Д. Поливанова, не выступал против него с трибуны.

Но скоро произошла реорганизация университетского обучения: из состава МГУ исключили гуманитарные факультеты, взамен создали Московский институт философии, литературы, истории (МИФЛИ), где ряд традиционных специальностей был ликвидирован. В том числе прекратилось на несколько лет обучение славянским языкам (кроме, естественно, русского), и Селищеву стало негде преподавать. Примерно тогда же закрылись и институты РАНИОН. Правда, в начале 1931 г. взамен лингвистической части Института языка и литературы РАНИОН открылся Научно-исследовательский институт языкознания (НИЯз) при Наркомпросе, в исторический его сектор был зачислен и Афанасий Матвеевич.

Но спокойно там работать оказалось невозможно. Директором нового института стал эмигрировавший в СССР румынский коммунист М. Н. Бочачер, «брошенный» на науку, он оказался мастером интриги. Впоследствии, вспоминая о НИЯзе, тюрколог Н. А. Баскаков говорил: «Тогда был порядок, что директор должен быть не специалистом». Бочачер следил за «политической линией», а другие ведущие должности занимали языковеды – коммунисты и комсомольцы, организаторы группировки «Языкофронт», в том числе совсем еще молодой Т. П. Ломтев (см. очерк «Выдвиженец»). Они спорили и с Марром, но били наотмашь и представителей старой, «буржуазной» науки. В институте их главной мишенью стал Селищев.

4 января 1932 г. Бочачер, «считая его дальнейшую работу в НИЯзе вредной», постановил: «Исключить Афанасия Матвеевича Селищева из состава действительных членов Института; довести об этом до сведения Сектора науки Наркомпроса». За увольняемого попытался вступиться его аспирант С. Б. Бернштейн, его тоже выгнали из института, заодно и исключив из «Языкофронта» (который, правда, на том же заседании самораспустился). 12 марта 1932 г. в НИЯз состоялось заседание методологического сектора с разоблачениями уже уволенного Селищева. Докладчиком выступал сам директор (в связи с чем говорили о том, что «мы присутствуем при рождении нового лингвиста» Бочачера). Вот выдержки из доклада: «Профессор Селищев в этой борьбе за Македонию стал… сторонником болгарского империализма… Нужно уметь разглядеть за «учеными» выкрутасами политическое лицо царско-буржуазного разведчика». Любопытно, что о пребывании Селищева у белых Бочачер не вспомнил, зато его поездка в 1914 г. в Македонию превратилась в выполнение разведзадания. Далее: «Перейду к книге “Язык революционной эпохи”. Эта книга очень талантлива. В этой книге очень тонко и умело скрыта клевета на нашу революцию». Вывод: «Работы Селищева – это работы идеологического интервента. Не только великодержавного шовиниста, но и капиталистического реставратора… Наше слово будет словом разоблачения идеологического интервента (Аплодисменты)».