7 августа Ямамото предпринял новую попытку убедить Моргенштаб. Он потребовал провести ежегодные штабные учения в сентябре, чтобы проверить подготовленные выкладки. Усиливающееся американское торговое эмбарго заставило штаб флота более благосклонно отнестись к идее Ямамото, хотя по-прежнему держался идеи оборонительного сражения в районе Маршалловых островов.

В начале сентября 1941 года Ониси снова вызвал Фукудомэ к себе в Морской генеральный штаб и заявил, что Гавайская операция кажется ему слишком рискованной и он хочет рекомендовать адмиралу Ямамото отказаться от нее. Позднее адмирал Ямамото вызвал Ониси вместе с контр-адмиралом Рюносукэ Кусака (начальником штаба вице-адмирала Нагумо, который командовал авианосным соединением) к себе на борт «Нагато» для совещания, и Ониси честно предложил ему отменить операцию. Но адмирал Ямамото твердо стоял на своем.

В это время штаб 1-го воздушного флота под руководством контр-адмирала Рюносукэ Кусака начал подготовку оперативного плана, причем вопрос снабжения топливом адмирал взялся решать лично. Гэнда должен был выбрать наиболее выгодный маршрут соединения к Гавайям. Он сразу рекомендовал выбрать северный, хотя он был более длинным.

На совещании Императорского совета 6 сентября 1941 года было решено, что «учитывая потенциальную мощь империи, Япония решила незамедлительно начать войну против Соединенных Штатов (Великобритании и Голландии) в случае, если шансы на достижения наших целей к началу октября будут слишком малы». После этого приготовления пошли полным ходом.

11 сентября начались ежегодные штабные учения, 16 сентября состоялась отработка Гавайской операции в присутствии представителей Моргенштаба и адмирала Нагумо. Последний неохотно согласился с выбором северного маршрута. При этом Гэнда рекомендовал во время перехода вообще не вести летных операций, чтобы избежать потери внезапности.

Первая попытка атаки завершилась провалом. Соединение Нагумо было обнаружено на подходах к Гавайям, и высланные самолеты встретили жесткое сопротивление. Ответная атака американцев «потопила» два авианосца Нагумо. Тогда адмирал сдвинул маршрут еще дальше к северу и изменил время прибытия в район действия американских самолетов-разведчиков. На этот раз американцы «потеряли» 4 линкора, 2 авианосца и 3 крейсера. Линкор, авианосец и 3 крейсера были «повреждены». Ответная атака «потопила» один японский авианосец и один «повредила». Скользкий вопрос обеспечения топливом решили отложить на будущее.

Морской генеральный штаб категорически отказался лишить наступающие на юг силы авианосного прикрытия, поэтому было непонятно: сколько же авианосцев пойдут к Гавайям. Получалось, что три, максимум четыре.

Эти учения не поколебали мнения адмирала Нагано и его подчиненных. Они по-прежнему считали Гавайскую операцию слишком рискованной. Мало того, против высказался адмирал Кусака. Но в это время летчики 1-го воздушного флота неутомимо отрабатывали технику атаки кораблей в мелководной гавани. Удалось решить проблему топлива. Авианосцы принимали дополнительный запас, а соединению придали 7 танкеров. В ноябре провели три тренировки по дозаправке в море.

Морской генеральный штаб выдвинул пять основных возражений.

1) Успех Гавайской операции зависит от достижения внезапности.

Мощный американский флот, сосредоточенный на Гавайях, был слишком силен, чтобы наше оперативное соединение могло дать ему обычный бой. Без внезапности наш флот не мог добиться успеха. Обязательным условием достижения внезапности было сохранение в секрете перехода оперативного соединения. Так как операция была крупномасштабной и в ней были задействованы более 60 кораблей, многим из которых предстояло выйти в море за месяц до начала военных действий, это вполне могло привлечь внимание противника, особенно потому, что южное направление всегда считалось основным в рамках японской стратегии. Так как напряженность в международных отношениях возрастала, все были уверены, что Соединенные Штаты и Великобритания значительно расширили свои разведывательные сети. Их союзник Советский Союз также считался источником опасности. Поэтому секретность операции вызывала самые серьезные сомнения.