«Для высшего и общего управления духовными училищами» было предложено учредить при Святейшем Синоде Комиссию духовных училищ (далее – КДУ). Были сформулированы основные задачи КДУ: временные (по проведению реформы) и непреходящие (по управлению уже преобразованной системой духовных школ)[114]. Высочайшим указом от 26 июня 1808 года Комитет был упразднен, как совершенно исполнивший свое предназначение, а КДУ утверждена, с поставленными перед ней задачами, и ей переданы все материалы Комитета[115]. Первыми членами КДУ стали члены Комитета, ими и были составлены проекты уставов и штаты духовных школ всех ступеней, опробованы и доработаны. В дальнейшем новые члены КДУ назначались также по Высочайшему повелению, авторитетные и компетентные в вопросах духовного образования, «духовного и гражданского состояния»[116]. В основном это были члены Святейшего Синода, лишь в трех случаях – присутствующие в Синоде архиереи. Первенствующими членами КДУ на протяжении всего времени ее деятельности были митрополиты Новгородские и Петербургские.

Анализ документов Комитета об усовершенствовании духовных училищ, проекта Устава духовных училищ 1809 г. и окончательной его редакции 1814 г.[117] показывает, что три старших класса дореформенной духовной школы, выделенные в особую ступень, дали новую семинарию – среднюю школу, сохранившую три двухлетних отделения: риторики, философии, богословия. Семинарский аттестат составлял священнослужительский образовательный ценз, то есть именно семинарии должны были стать школой подготовки духовенства. Реформированные духовные академии, по замыслам Комитета 1808 г., представляли собой совершенно новое учреждение, не преобразованное из дореформенной школы, но надстраиваемое над ней. Таким образом, создавалась духовная школа нового типа, с особыми задачами. Комитет об усовершенствовании духовных училищ 1808 г. определил «троякий предмет установления духовных академий»: «1) образование духовного юношества к высшим должностям»; 2) распространение и поощрение учености в духовенстве; 3) управление духовных училищ, Академии подчиненных»[118]. Подготовка учителей – одна из главных проблем духовных школ XVIII века – не была упомянута особо, но Комитет указывал, что выпускники академий будут заполнять вакансии профессоров, как академий, так и семинарий, то есть, профессорство входило в число «высших должностей»[119]. Но не это являлось главной целью учреждения новых академий.

По замыслам Комитета, каждая окружная академия должна была представлять собой не педагогический институт, а Академию наук, которой уделен особый вид просвещения – «ученость, сколь можно более приспособленная к наукам богословским»[120]. Именно «академия» являлась «ключевым» понятием реформы 1808–1814 гг., ибо отвечала за развитие наук, «духовному званию нужных»[121]. Духовное образование и «ученость, приспособленная к наукам богословским» должны были в академии неразрывно соединиться.

Попытка соединения в одном учреждении учености и обучения, то есть ученых исследований и подготовки научных кадров, предпринималась еще в первой половине XVIII в., при учреждении Академии наук и художеств. При Академии был учрежден университет, и члены Академии были обязаны преподавать. Реализация проекта показала его нежизнеспособность, академический университет действовал слабо, угасал и оживал несколько раз, на год-два, а в 1760 г. был окончательно закрыт[122]. В этом случае акцент был смещен в сторону науки, а университетский опыт не удался[123]. В случае духовных академии в начале XIX в. была надежда на более благоприятный результат: русское духовное юношество показало себя в XVIII в. как наиболее способное к обучению, и уже имелся определенный опыт. При этом административное устроение академий должно было представлять синтез идей университетского Устава 1804 г. и Устава Академии наук. Каждая из четырех духовных академий должна была стать академией духовных наук, с учебным институтом для подготовки научных кадров.