В инструкции «Организация уездной власти» не назывались конкретные сроки созыва уездного совета. Согласно инструкции «Организация волостной власти» уездный съезд должен был назначать эмиссара для организации советской власти в селах. Эмиссар должен был созывать общее собрание, на котором избирался сельский совет. Все кандидаты баллотировались открытым голосованием. Избранный совет должен был также из своей среды избрать исполнительный комитет (численный состав которого определял сам) и комиссара.

На Ставропольском губернском съезде, который состоялся 2 мая 1918 года, новый губернский исполком был утвержден в количестве шестидесяти человек. Второй губернский исполком в отличие от первого был по составу однородным, коммунистическая партия была на нём руководящей. Левые эсеры хотя и входили в него, но уже не играли существенной роли в руководстве управлением. Новый исполком должен был реорганизовать власть в губернии. 20 мая 1918 года был опубликован «Декрет о власти в Ставропольской губернии», который включал следующие положения:

• высшим законодательным органом в губернии является губернский съезд крестьян, рабочих и красноармейских депутатов;

• в период между сессиями съездов высшей властью в губернии является исполнительный губернский комитет;

• в своей работе исполнительный губернский комитет неотступно руководствуется декретами Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета и наказом, данным ему съездом советов губернии;

• для непосредственного управления исполнительный комитет избирает президиум, председателя, трех членов и секретаря, а также выделяет из своего состава комиссариаты (отделы, коллегии), по которым распределяются все члены исполкома.

Таким образом, совет народных комиссаров был упразднен и его место занял президиум исполкома. Первый президиум состоял из следующих лиц: т. Дейнеко (беспартийный), т. Петров (коммунист), т. Морозов (коммунист), т. Мишенин (левый эсер), т. Селивановский (интернационалист). Кроме того, в июне в президиум был принят член Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета т. Вифляев (коммунист).

Газета «Власть Труда» от 20 мая 1918 года переустройство объясняла следующими доводами: «Диктаторские замашки, пышно расцветавшие в Ставропольском совете народных комиссаров, были необходимым следствием старого декрета о власти… Ведь ясно, в провинции, где наблюдается крайнее отсутствие работников, отдельные лица могли использовать свое право „доводить до сведения“ губисполкома для самого неограниченного самодержавия… Ведь это не Питер, и не Москва, где мощные партийные организации зорко следят за своими ответственными работниками».

Президиум распределил всю работу управления по следующим коллегиям: административный отдел, комиссариат продовольствия, комиссариат земледелия, комиссариат народного образования, комиссариат путей сообщения, комиссариат общественного презрения, комиссариат юстиции, комиссариат здравоохранения, комиссариат финансов, комиссариат труда и промышленности, военный комиссариат. Несколько позднее комиссариат труда и промышленности был разбит на 2 самостоятельных комиссариата.

Для реорганизации власти в волостях и селах была использована разосланная центральной властью «Схема организации советской власти на местах». По этой схеме исполнительные волостные комитеты должны были выделить комиссии (по 3 человека) – продовольственную, просветительную, военную и другие по мере надобности. Из работы, проделанной Ставропольским губисполкомом, помимо ведения Гражданской войны, можно выделить следующие: упразднение городской самоохраны, ведение местного суда в Ставрополе и избрание нового революционного губернского трибунала. Несмотря на принятие декретов, законов, установление советской власти на территории Ставропольской губернии происходило крайне бессистемно. Советы организовывались в каждом селе, поселке и хуторе так, как кому вздумается. Никакой планомерности в работе не было. Так, в докладе члена краевого комитета Северного Кавказа РКП т. Баяна-Мальцева отмечалось: «Советская и партийная работа поставлены в крае очень плохо. Мы на Северном Кавказе переживаем еще только октябрь, у нас еще нет того, что, собственно, составляет сущность советской власти: декреты не только не проводятся, но их даже хорошенько не знаем. Советские организации, хотя и покрыли своей сетью Республику, только еще налаживаются. Но сплотить массы вокруг них удалось хорошо, в меньшей степени наблюдается это в Ставропольской губернии, которая вообще отстала во всех отношениях, благодаря зажиточности ее крестьян. Партийная работа в крае поставлена очень плохо».