В 1985 году с должности начальника штаба ракетного полка он поступил в Военную академию имени Ф. Э. Дзержинского, которую окончил в 1987 году (с отличием) и был назначен командиром 131-го ракетного полка 62-й ракетной Краснознамённой дивизии (г. Ужур Красноярского края).

В 1989-1994 годах – начальник штаба-заместитель командира 62-й ракетной дивизии.

В 1994 г. генерал-майор А.А. Швайченко назначается командиром 62-й ракетной Краснознамённой дивизии (г. Ужур Красноярского края), на вооружении которой стоят боевые ракетные комплексы тяжелых межконтинентальных ракет Р-36М2.

Ракетная дивизия со времени постановки на боевое дежурство в 1966 г., периодически перевооружалась: первый ракетный комплекс с ракетами Р-36 с 1966 г. по 1979 г.; Р-36М с 1975 г. по 1999 г.; Р-36МУ с 1979 г. и Р-36М2 с 1987 г. К периоду 1994-1997 гг. этап перевооружения закончился.

Командиром дивизии решались сложные задачи сохранения боевой готовности в условиях начавшегося реформирования Вооруженных Сил Российской Федерации. Были реализованы наиболее оптимальные формы и методы управления при выполнении стоящих задач. Большое внимание было уделено организаторской работе руководящего состава дивизии по выполнению задач повседневной жизнедеятельности частей и подразделений, внедрению новых форм и методов работы офицеров боевых расчетов полков, единой методики оборудования боевых постов, использованию программного обеспечения для компьютерной техники.

Благодаря командиру дивизии Швайченко жителям военного городка дивизии «Солнечный» были созданы хорошие условия для отдыха, проводились культурно-массовые и спортивные мероприятия, отмечались Дни соединения и Дни воинских частей. Действовали Музей боевой славы дивизии, комнаты боевой славы в полках и воинских частях.

62-я Краснознамённая ракетная дивизия во время командования Швайченко А.А. (03.11.1994-01.08.1997) занимала ведущее место в Ракетных войск, неоднократно отмечалась командованием РВСН как одна из лучших стационарных ракетных дивизий!

В 1997 году Швайченко зачислен в Военную академию Генерального штаба Вооружённых Сил Российской Федерации.

В 1999 году по окончанию академии, и как всегда – с отличием, Швайченко был назначен на должность начальника штаба – первого заместителя начальника 4-го Государственного центрального межвидового полигона Министерства обороны РФ (полигон Капустин Яр, Астраханская область).

В 2001 году генерал-майора Швайченко А.А. назначают на должность первого заместителя начальника штаба РВСН.

В 2002 году он становится командующим 33-й гвардейской ракетной Бериславско-Хинганской армией (г. Омск).

В 2006 году начальник штаба – первый заместитель командующего РВСН. А с августа 2009 года по июнь 2010 года – командующий Ракетными войсками стратегического назначения.

Член Военного совета РВСН с июня 2006 г. по июнь 2010 г.

За свой ратный труд Швайченко отмечен многочисленными наградами:

– юбилейной медалью «60 лет Вооружённых Сил СССР» (1978);

– медалью «За безупречную службу в Вооружённых Силах СССР» III степени (1981);

– медалью «За безупречную службу в Вооружённых Силах СССР» II степени (1986);

– юбилейной медалью «70 лет Вооружённых Сил СССР» (1988);

– орденом «За службу Родине в Вооружённых Силах СССР» III степени (1989);

– медалью «За безупречную службу в Вооружённых Силах СССР» I степени (1991);

– знаком отличия «Главный маршал артиллерии Неделин» (2001);

– знаком отличия «За боевое дежурство в Ракетных войсках стратегического назначения» (2001);

– памятным знаком «200 лет Министерству обороны РФ» (2002);

– орденом «За военные заслуги» (2004);