Методы лексикостатистики и выделения лексических инноваций постепенно вышли на первый план при сравнительном анализе и ре-классификации языков Африки. При этом долгое время не существовало единой методики сопоставления лексем в рамках статистического подхода – каждый исследователь мог «на свой вкус» объявить две формы когнатами, что нередко довольно чувствительным образом меняло всё родословное древо макросемьи.

Итогом чрезмерного увлечения классификационными моделями и построением дендрограмм на основе нескольких лексических соответствий стала их довольно низкая абсолютная ценность в отсутствие того, что обычно сопутствует родословному древу в сравнительно-историческом языкознании: систем регулярных фонетических соответствий, реконструкции фонологии и морфологии праязыка, праязыкового лексического фонда. В то же время стремление «углубить» родство с помощью лишь 10–15 лексических изоглосс привело к тому, что появились гипотезы праязыков, отстоящих от нас на 18–20 тысяч лет. В их числе – конго-сахарская гипотеза Э. Грегерсена (фактически возвращавшая к «суданской» теории К. Майнхофа) [Gregersen 1972]. Составлялись и списки «панафриканских» лексических корней, призванных свидетельствовать об общем происхождении всех четырёх макросемей языков африканского континента. При этом для сравнения приводились данные, произвольно выбранные из каждой макросемьи, соответствия между ними остаются тёмными и никак не объясняются с точки зрения методологии.

Эти и другие обстоятельства привели к тому, что в начале XXI в. в африканском языкознании наступил новый этап. На смену тенденции поисков дальнего родства, порождённой популярностью работ К. Майнхофа, Д. Вестермана, Дж. Гринберга и других учёных XX в., пришла обратная тенденция. В противовес сторонникам дальнего родства и крупных генетических объединений языков, названным в англоязычном научном сообществе «ламперами» (англ. lumpers, букв. ‘сваливающие в кучу’), среди учёных-африканистов появляется всё больше т. н. сплиттеров (splitters, букв. ‘разделяющие’) – противников идей макрокомпаративистики, направляющих усилия на выделение небольших независимых групп и семей языков, объяснение схожих элементов конвергентными отношениями, а также активный поиск языков-изолятов.

Данная тенденция, зародившись в США, где позиции гипотез дальнего родства всегда были традиционно слабыми, в настоящее время продолжает усиливаться и в университетах и научных центрах Европы, а также отчасти и в России. Она затронула не только африканский континент, но оказала сильнейшее влияние на изучение автохтонных языков обеих Америк, Австралии, ряда регионов Евразии. Теоретическое обоснование идей противников дальнего родства было заложено работами второй половины XX в. – многие их тезисы были сформирулированы и в советской литературе, в т. ч. такими крупными учёными, как А. М. Щербак и Б. А. Серебренников. В последние десятилетия возражения против методов макрокомаративистики выдвигались в работах известных лингвистов Запада – Р. Диксона, Дж. Николс, Л. Кэмпбелла и других.

Одновременно с этой центробежной тенденцией в африканском языкознании усиливается интерес к языкам-изолятам. В разное время южнее Сахары выделялось до трёх десятков изолированных языков. И хотя для большинства из них выдвигались гипотезы о принадлежности к той или иной из четырёх макросемей континента, в сегодняшней западной науке к таким гипотезам принято относиться скептически. Конференция «Изоляты в Африке», прошедшая в Лионе в декабре 2010 г., стала подтверждением усиления влияния «сплиттеров» в африканском языкознании. Фактически она показала, что в отсутствие надёжных сравнительно-исторических данных для большинства крупных и малых семей африканских языков исследователь считает для себя более экономным объяснять обнаруженные в языках лексические, фонетические и морфосинтаксические сходства как результат конвергентного развития, нежели как итог длительного расхождения генетически родственных идиомов [Прохоров 2011].