Жена Матея Анна, дочь соседа его родителей в Кожланах Яна Бенеша, была двоюродной сестрой Матея. Набожная и трудолюбивая женщина, на три года старше мужа, она могла в случае необходимости взять на себя управление хозяйством. Три дня спустя после рождения Эдуарда ей исполнилось 44 года. Он был десятым ребенком в семье, в которой двое детей умерли.

Каждодневная изнурительная работа от зари до зари приносила определенные материальные плоды, хотя успех Матея Бенеша никоим образом не сказался на семейной бережливости. Маленький Эдуард, которого звали Эдик, рано должен был привыкнуть к жесткой дисциплине, что диктовало необходимость повседневной экономии и отказа от собственных желаний. Бережливость сказывалась на всем быте семьи, начиная от преждевременного гашения керосиновых ламп и кончая необычайной умеренностью в питании. Сестры Эдика опекали брата с огромной ответственностью, а Анна Бенешова без колебаний прибегала к телесным наказаниям. При этом она часто пользовалась половником или тем, что попадалось на кухне под руку. Но при этом Анна не была злой, наоборот, обладала веселым характером, несмотря на то, что у ее работящего молчаливого мужа не оставалось времени для семьи и полного детьми дома.

Эдик был маленького роста и в раннем детстве несколько полноват. Поэтому он стал подходящей мишенью для непрестанных насмешек своих сверстников. Дома на его жалобы мало кто обращал внимание, и он начал сторониться ребят своего возраста. Постепенно он превратился в необщительного, замкнутого ребенка, что вовсе не способствовало росту его популярности среди одноклассников. Большую часть времени он проводил за учебой, иногда, но редко, отправлялся порыбачить, поскольку даже самый младший из детей семьи Бенеша не смел бездельничать. Надо было помогать в торговле, в кирпичном производстве, в поле. Успеваемость в школе была хорошей, поскольку за его успехами крылся упорный труд. Когда речь заходила об обучении детей, экономные родители Эдика, не колеблясь, выделяли на эти цели определенные, хотя и скромные средства. Старшие братья Эдика Вацлав и Войта стали учителями и слыли вольнодумцами и социалистами. Они не были согласны с планами матери относительно их младшего брата, которые заключались в том, что он станет священником. Однако религиозное воспитание на мальчике никак не сказалось, и Эдик никогда не находил в вере утешения. В гимназии Бенеш считал себя «почти атеистом». В смене мировоззрения ему помог не только тогдашний исторический образ гуситского движения, но также его импульсивный брат Войта, который пытался выбить из маленького Эдика остатки еще сохранившейся в нем религиозности с помощью кнута.

В 1896 г. двенадцатилетний Эдуард переехал в Прагу, где был принят в Виноградскую гимназию. Старшие сыновья Матея Бенеша Вацлав и Войта, уже жившие в столице, должны были помочь Эдику приспособиться к новым условиям жизни. Он поселился в доме Вацлава на Вршовицах. Вацлав, старше Эдварда на 12 лет, являлся тогда одним из лидеров чешского учительства, высоко ценимого в то время чешской общественностью. Помимо преподавания Вацлав занимался редактированием и изданием книг и стал таким образом членом круга реалистов, небольшой политической партии, основанной Т. Г. Масариком. Позднее Вацлав Бенеш перешел в социал-демократическую партию и несколько раз безуспешно выставлял свою кандидатуру на парламентских выборах.

Приехав к брату в Прагу, Эдуард быстро адаптировался к новой среде и нашел для себя новые увлечения. В доме Вацлава было полно политических брошюр прогрессивной или социалистической направленности, и Эдуард мог ими свободно пользоваться. Вацлав, который предпочитал спартанское воспитание молодежи, имел опыт общения с младшими братьями. Войта, родившийся в 1878 г., прибыл в Прагу еще до Эдика. Несмотря на разные характеры, оба младших брата в доме Вацлава сблизились. Войта был романтичнее и эмоциональнее Эдика и имел склонность к литературе. Эдуард отличался собственными, рационально очерченными интересами, касавшимися главным образом политики. Войта, вскоре понявший, что Эдик необычный, обладавший пока скрытыми талантами мальчик, привык играть в отношениях с братом вторую скрипку.