А с какими инициативами выступало руководство наркомата внутренних дел или наркомата госбезопасности в канун и во время войны, по каким вопросам государственного строительства? Чаще всего речь шла о расстановке кадров, о получении санкций на проведение агентурно-оперативных мероприятий, имеющих существенное политическое или международное значение. Но чаще всего предложения НКВД и наркомата госбезопасности накануне и в годы войны касались реализации директив правительства.

Иерархическая пирамида представления информации тех лет выглядела так. «Наверх» выходил народный комиссар, министр. Он докладывал и формулировал вопрос. Когда существовал Комитет информации под руководством члена Политбюро ЦК ВКП(б), 1-го заместителя председателя Совмина СССР, министра иностранных дел В. Молотова с 1947 по 1949 годы, то Молотов имел самостоятельный выход на Сталина. Начальник разведки выходил или на наркома, или на его заместителя. Такими людьми в канун и в годы войны были В. Меркулов и Б. Кобулов. Кобулов – заместитель Берии по НКВД в 1939–1941 годах – был единственный заместитель наркома госбезопасности в разгар войны, в 1943–1945 годах. Других заместителей, курировавших агентурную работу в НКГБ в тот период, не было. И это при громадном ее значении.

Важно и то, что начальник Разведупра Красной армии имел, в отличие от начальника разведки НКВД-НКГБ, в ряде случаев право самостоятельного выхода на высшее руководство, то есть на Сталина. Сталин регулярно принимал у себя в Кремле и на даче руководителей военной разведки, причем зачастую без участия в беседе начальника Генерального штаба. Однако руководителей внешней разведки органов госбезопасности и закордонных резидентов НКВД-НКГБ он всегда принимал вместе с их непосредственными руководителями – Берией, Меркуловым и Кобуловым.

Главными подразделениями в НКВД накануне войны были: 1-е разведывательное управление, 2-е управление, 3-е, недолго просуществовавшее, секретно-политическое управление (СПО) и управление особых отделов.

Основным направлением в работе органов разведки и контрразведки являлось немецкое.

Главным направлением в работе особых отделов и военной контрразведки также было немецкое.

Главным направлением в работе секретно-политического направления по-прежнему был разгром антисоветских политических партий, остатков «троцкистского подполья» и тому подобных оппозиционных организаций внутри страны.

Первый отдел контрразведывательного аппарата был самым важным. Он разрабатывал агентуру немецкой и польской разведок. Второе направление было нацелено на Японию, которая считалась одним из главных наших противников. Третье направление занималось отслеживанием действий английской и американской резидентур. Разрабатывали контрразведчики и наших неактивных противников – главным образом действия спецслужб нейтральных стран на нашей территории. Очень важно отметить, что в составе контрразведывательного отдела было специальное подразделение, которое занималось охраной дипломатического корпуса.

В организации разведывательной работы за границей опять-таки ведущее направление было немецкое.

Второе – связано с Францией, Италией, странами, оккупированными немцами. Третье – нацелено на США. Оно также включало в себя научно-техническую разведку. Четвертое направление касалось Японии, Маньчжурии, Кореи и Китая. Специальным направлением считались Синьцзян, Монголия и другие территории на Дальнем Востоке.

Наряду с этими обстоятельствами следует отметить, что контрразведывательное управление и управление военной контрразведки, а также транспортное управление имели самостоятельные выходы за границу через соответствующую агентуру. Большую разведывательную работу проводило управление пограничных войск, которое имело свои собственные разведывательные отделы и в соответствии с положением о нем также отвечало за разведку театра военных действий в прифронтовой полосе. Это смешение функций очень отчетливо себя проявило в том, что информация, поступавшая по различным источникам, нуждалась в правильной координации деятельности основных оперативных разведывательных подразделений. Зачастую это не удавалось осуществить. Скажем, управление пограничных войск вообще вышло в 1941 году из структуры органов госбезопасности и перешло в НКВД. Это удлинило сроки ознакомления с материалами разведки погранвойск руководства органов безопасности. Усложнилась реализация этих материалов. Курирование основных направлений работы также усложнилось, например, транспортное управление в канун войны осуществлялось в большой степени по линии НКВД, так как его начальник С. Мильштейн имел личный выход на Берию как на наркома внутренних дел, хотя формально работал в аппарате наркомата госбезопасности.