Так именно «внешне» лишь приражался он к нему самому, не находя в святом послушнике пищи и палимый его молитвою при первых же искусительных приступах своих. И впоследствии он дерзновенно говорил о себе духовнику Дивеевской обители о. Садовскому так: «Как я и сам – девственник, батюшка, то Царица Небесная благословила, чтобы в обители моей были бы только одни девушки».

И Н.А. Мотовилову объяснял он, что дев-инокинь нужно устраивать отдельно от вдовиц, по повелению Самой Божией Матери. «К нам придут вдовицы и отроковиц с собою приведут, – говорил он дивеевской сестре Матроне. – Но мы, матушка, особенных чувств от вдовиц. Они во многом различны от нас (девственных). Девица услаждается только Сладчайшим Иисусом, созерцает Его в страданиях и вся свободная духом служит Господу; а у вдовицы много воспоминаний о мирском: «Как хорош был покойник-то наш! Какой он был добрый человек!» – говорят они».

Поэтому он для девиц выделил особую часть монастыря с мельницей, которая потом и называлась «Мельничною девичьею» обителью. Такое самосвидетельство преподобного вернее всяких других показаний ручается за непорочность его. Но чтоб сильнее, глубже очистить и остатки движений естества, Господь почти в самом же начале монашества послал ему тяжелую болезнь. «Тело есть раб, душа – царица, – учил он после, – а потому сие есть милосердие Господне, когда тело изнуряется болезнями; ибо от сего ослабевают страсти и человек приходит в себя». Впрочем, «и самая болезнь телесная рождается иногда от страстей»; «Отними грех, и болезни оставят».

Через 2 года после вступления в монастырь Прохор тяжко заболел водянкою: он весь распух и большею частью лежал в келье неподвижно. Недуг продолжался около трех лет. Игумен Пахомий и старец Иосиф, горячо полюбившие послушного инока, с любовью ухаживали за ним. Не видя улучшения и даже боясь за смертельный исход болезни, о. Пахомий предложил пригласить врача. Но Прохор кротко ответил ему: «Я предал себя, отче святый, истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу и Пречистой Его Матери; если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством, причастием Святых Таин».

Старец Иосиф с усердием отслужил бдение и литургию о здравии болящего, исповедал и причастил его в келье. После этого Прохор быстро выздоровел.

Впоследствии он сам рассказал многим, что после Святого Причастия ему явилась в несказанном свете Пречистая Богородица с апостолами Петром и Иоанном Богословом и, обратившись лицом к апостолу Иоанну, изрекла, указывая на болящего:

«Сей – от рода нашего! (т. е. небесного)»; «Затем, – повествует с его слов монахиня Капитолина, – правую-то ручку, радость моя, положила мне на голову, а в левой ручке держала жезл; и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то, и сделалось углубление, матушка; вода-то вся в него и вытекла. И спасла Царица Небесная убогого Серафима. А рана пребольшая была; и до сих пор яма-то цела, матушка: погляди-ка, дай ручку». И батюшка сам, бывало, возьмет да и вложит мою ручку в яму; и велика же она была у него: так вот весь кулак и взойдет».

Так чудесно исцелился Прохор. Другим же, а особенно мирянам, он разрешал и лечиться. Спрашивавшему его об этом некоему Богданову дал такой совет: «Болезнь очищает грехи. Однако же воля твоя – иди средним путем: выше сил не берись, упадешь, и враг посмеется тебе. Аще юн сый, удержись от высоких», то есть подвигов и намерений. «Однажды диавол предложил праведнику прыгнуть в яму. Тот было и согласился, но святой Георгий Победоносец удержал его»