Эту задачу поручили австралийскому полку SASR и подразделению боевых пловцов австралийского Королевского флота. Пловцам предстояло изучить побережье и наиболее удобные места высадки войск, а разведчики полка должны были собрать разведданные о подразделениях индонезийской армии и вооруженных группировках мусульман, их численном составе, вооружении, местах дислокации.

Небольшие команды SASR и боевые пловцы раз за разом высаживались на территорию острова с подводных лодок и вертолетов. В течение месяца они вели разведку, досконально выяснив места расположения боевиков и индонезийской армии. Спецназу удалось провести разведку районов на границе Западного и Восточного Тимора, что в последующем позволило перекрыть места возможного проникновения боевиков. Хотя индонезийские военные заметили присутствие австралийских вертолетов в своих территориальных водах, ни одна команда полка не была обнаружена. Ведь такое обнаружение грозило не только столкновением с индонезийской армией или боевиками, но и крупным дипломатическим скандалом. После ввода войск ООН австралийский SASR еще долгое время находился на острове.

Первой командировкой после Вьетнама не в составе миротворцев стал для SASR Кувейт, куда в 1998 году был направлен 1-й эскадрон, приданный новозеландскому SAS. Австралийцы сыграли ключевую роль в операции в Восточном Тиморе (сентябрь 1999 г. – февраль 2000 г.), где действовал 3-й эскадрон полка, впоследствии замененный 1-м и 2-м.

SASR был ключевым элементом системы предотвращения терактов во время Олимпийских игр в Сиднее в 2000 году. Два эскадрона полка находились в постоянной боевой готовности.

Захват спецназовцами новозеландского корабля Tampa в августе 2001 года остается одним из самых противоречивых инцидентов в истории SASR. В конце августа 2001 года контроль над норвежским кораблем Tampa захватили более 430 беженцев из Афганистана и Шри-Ланки, прося предоставить им убежище в Австралии. Корабль к тому времени находился около Индонезии (и в 150 км от австралийского острова Рождества). Австралийское правительство отдало приказ взять корабль под контроль и отвести к острову Рождества, поручив эту задачу SASR. Хотя бойцы SASR сделали все, чтобы улучшить условия находящихся на корабле людей, участие спецназа в операции по предотвращению высадки беженцев в Австралию не прибавило популярности подразделению. Кроме того, Международная федерация транспортников и вовсе назвала действия австралийских властей незаконными.

О решении отправить SASR в Афганистан Австралийское правительство заявило в октябре 2001 года. 1-й эскадрон прибыл в страну в ноябре. Был предусмотрен режим ротации эскадронов каждые шесть месяцев. По традиции, к каждому прибывавшему эскадрону SASR была придана рота новозеландского SAS. Основные задачи подразделения были определены как поисковые и разведывательные операции. SASR вышел из Афганистана в ноябре 2003 года, после того как все три эскадрона прошли через командировку в этой стране. За это время австралийский спецназ потерял одного бойца – сержанта Эндрю Рассела (джип, в котором он ехал, подорвался на мине).

В марте 2003 года подразделения SASR были направлены в Ирак.

SASR нес на себе основную нагрузку участия австралийских вооруженных сил во время войны в Ираке в 2003 году. Командированный контингент включал в себя 1-й эскадрон, взвод из 4-го батальона Королевского австралийского поста и подразделение Incident Response Regiment. 1-й эскадрон действовал в западном Ираке и был заменен почти сразу после окончания операции. 1-й эскадрон был вскоре выведен, но отдельные подразделения SASR остались в стране.