Филипп, видя, к чему идет дело, заявил: «Лучше мне принять безвинно мучение и смерть, нежели быть митрополитом при таких мучительствах и беззакониях!» – после чего сам сложил сан. Но Грозный не принял этого и велел ему служить в день архангела Михаила в Успенском соборе. И уже на службе Басманов громогласно объявил о лишении митрополита сана. Тут же опричники сняли с Филиппа святительское облачение, одели в разодранную монашескую рясу и изгнали «из церкви яко злодея и посадиша на дровни, везуще вне града ругающеся… и метлами биюще».

Иван хотел Филиппа сжечь, но духовенство упросило его этого не делать, и бывший митрополит был осужден на вечное заключение. Его ноги забили в деревянные колодки, руки заковали в железные кандалы и содержали в монастыре Николы Старого, где морили голодом. Иван же, казнив племянника святителя, прислал Филиппу голову, зашитую в кожаный мешок: «Вот твой сродник, не помогли ему твои чары». Вскоре митрополит был сослан в Тверь, но Грозный все не мог успокоиться и одного за одним казнил его родственников.

А через год к Филиппу приехал Малюта Скуратов и попросил благословения на новгородский поход: царь подозревал, что Новгород хочет отложиться к Польше. Филипп отказал, и Малюта задушил его подушкой. Понятно, что убийство столь видного человека могло быть санкционировано только царем.

Новгородский же поход закончился заключением тамошнего епископа Пимена, возглавлявшего, кстати, суд над Филиппом, и массовыми убийствами: Иван велел обливать новгородцев зажигательной смесью и затем, обгорелых и еще живых, сбрасывать в Волхов. По свидетельству очевидцев, от обилия мертвых тел река вышла из берегов. Современные ученые считают, что было убито до 15 000 человек, включая младенцев, при общем населении тогдашнего Новгорода в 30 000 человек. Только в одной из могил, где хоронили утопленных в Волхове, археологами было обнаружено 10 000 останков.

«Новгородскую измену» царь продолжил расследовать и по возвращении в Москву. В столице было обвинено 300 человек, и казнь назначили на 25 июля 1570 года на Поганой луже.

Но Грозный никогда не забывал о «милосердии» – он слишком боялся народа. 184 человека были тут же помилованы, остальные казнены разными пытками. Дипломата и печатника Висковатого заживо изрезали на мелкие кусочки, казначея Фуникова умертвили попеременно обливая то кипятком, то холодной водой. Иван не только присутствовал при этих казнях, но и принимал в них непосредственное участие.

Попали в жернова террора и основатели опричнины: сына Алексея Басманова Федора заставили отрубить отцу голову, а потом казнили и самого. Интересно, что центральное лицо «заговора», Пимен, казнен не был, его всего лишь отправили в ссылку. Убитых, чьи имена «сам ты, Господи, веси» Иван внес в свой синодик, он регулярно поминал в церкви. Но казни в Москве продолжались. Иван всегда принимал в них участие и придумывал все новые способы мучений: раскаленные сковороды, печи, клещи, тонкие веревки, перетирающие тело, и т. п.

Конец опричнины был неожидан: в 1571 году крымский хан Девлет-Гирей не только вошел на Русь, но и сжег Москву. Опричники, привыкшие разбираться лишь с мирным населением, просто попрятались. После отражения нападения хана Грозный отменил опричнину, и даже запретил произносить это слово. Но все-таки, под именем «государева двора», она просуществовала до самой его смерти.

Сталин видел в опричнине явление положительное и на встрече с кинематографистами по поводу второй части фильма Эйзенштейна «Иван Грозный» (в итоге запрещенной) сказал: «(Эйзенштейн) изобразил опричников как последних паршивцев, дегенератов, что-то вроде американского ку-клукс-клана… Войска опричнины были прогрессивными войсками, на которые опирался Иван Грозный, чтобы собрать Россию в одно централизованное государство против феодальных князей, которые хотели раздробить и ослабить его. У него старое отношение к опричнине. Отношение старых историков к опричнине было грубо отрицательным, потому что репрессии Грозного они расценивали как репрессии Николая II и совершенно отвлекались от исторической обстановки, в которой это происходило. В наше время другой взгляд на это».