В 1492 году был подписан указ об изгнании евреев из всех владений испанских государей. Этот указ для евреев вышел совершенно неожиданно. Как следствие, резко возросло число новообращенных христиан, которое в 2 – 3 раза превысило число правоверных евреев. На протяжении всего XV века принимались меры, направленные на то, чтобы сделать жизнь испанских евреев невыносимой. Местные власти стремились исключить возможности для общения евреев с христианами. В 1580-х годах стало особенно заметно сокращение числа правоверных евреев в Испании. Казна тем временем значительно пополнилась за счет налогов, взимаемых с еврейских семей. Стараниями инквизиции гонения усилились. Все эти меры имели большое психологическое значение для нагнетания в стране обстановки напряженности и ненависти к иудейскому народу.

Решение об изгнании евреев было принято в связи с деятельностью инквизиции и влиянием на королевских особ Генерального инквизитора Торквемады. Кроме того, антисемитские настроения в массах, нагнетаемые многолетними проповедями инквизиторов, повлияли на принятие этого решения. Но решающее значение для появления указа имели стремления абсолютистского государства к всеобщему объединению под единой религией. Это объясняет еще и то, что указ появился сразу после освобождения Гранады от арабского влияния, что сыграло немалую роль в формировании единого государства.

Вопреки ожиданиям власти, большинство оставшихся евреев предпочитали изгнание насильственному крещению. «По закону» им разрешалось продать свое имущество за 2 – 3 месяца, но местные власти нередко конфисковывали его, тем самым нарушая этот «закон».

Огромные движения изгнанных еврейских масс, толпы, в которых было около 100 тысяч человек, тянулись по испанским дорогам по направлению к гаваням. Но путь был настолько труден из-за постоянных грабежей и обманов, что многие все же предпочитали вернуться в Испанию и принять христианство. По существу можно сказать, что был принесен в жертву целый народ, ни в чем не повинный и подвергшийся геноциду только за то, что отказался отречься от веры своих предков.

На протяжении многих столетий на Иберийском полуострове возникло несколько районов компактного проживания мавров. Это Арагон, Каталония и Валенсийское королевство. Здесь они составляли треть населения и успешно сосуществовали с испанцами-христианами. Другим центром являлась Гранада, где даже после завоевания испанцами в 1492 году арабы составляли больше половины населения. В остальных местах арабское население было невелико, и большая часть его были морисками, т. е. крещеными.

После изгнания евреев стали приниматься меры для принятия маврами христианства, противоречащие условиям арабской капитуляции. Вскоре эти действия переросли в массовое и насильственное крещение. В 1502 году был опубликован декрет, который ставил мавров перед выбором крещения или изгнания. В 1527 году уже считалось, что ислам официально изгнан из Испании, но что крещение было для многих мавров не вполне добровольным и некоторые мориски не слишком сведущи в вопросах Святой веры. Против неблаговерных морисков избрали испытанное оружие инквизиционных преследований. В 1526 году в Гранаде был учрежден инквизиционный суд. В это время начинается ограничение прав морисков, и ведется политика внедрения «старых христиан» в поселения морисков, которая порождала вражду и нетерпимость.

Испания, ведя войну против протестантов в Европе, начинает войну с гугенотами. По слухам, мориски обвинялись в тайном сговоре с ними. Также их обвиняли в сотрудничестве с враждебными турками, нанесшими серьезное поражение Испании. Поэтому права морисков все сильнее сужались королевскими указами. Инквизиция в Гранаде сжигала 80% всех осужденных морисков. Со стороны мавров были предприняты слабые попытки восстания, но силы были неравными. Для прекращения сопротивления были предприняты меры по их переселению на север страны, вследствие чего оставались большие обезлюдевшие территории. Наряду с этим в новых местах обитания мавров усиливается инквизиция.