23 июня была образована Ставка Главного Командования (с 10 июля Ставка Верховного Командования, с 8 августа – Ставка Верховного Главнокомандования) – высший орган стратегического руководства вооруженными силами. Вся полнота власти в стране сосредоточивалась в руках образованного 30 июня Государственного Комитета Обороны (ГКО). Председателем ГКО, а затем и Верховным Главнокомандующим Вооруженными силами СССР (с 8 августа) был назначен И. Сталин.

Красная Армия отступала. 10 июля началась битва за Ленинград, которая сковала крупные силы немецко-фашистских войск и финскую армию. В Смоленском сражении (10 июля – 10 сентября 1941 г.), развернувшемся на фронте до 650 км и в глубину до 250 км, наступление противника на Москву было приостановлено, но лишь временно. Войска Юго-Западного и Южного фронтов с боями оставили Киев, Одессу, затем западные районы Донбасса. Противник ворвался в Крым, подошел вплотную к Севастополю, в ноябре достиг Ростова-на-Дону.

Потери советских войск были огромны. Ориентировочно уже в первый месяц войны потери составили 1 млн. человек, из них убитыми и умершими от ран 300 тыс., 700 тыс. пленными. В сентябре на Левобережной Украине попали в плен 650 тыс. человек и позднее в боях под Брянском и Вязьмой еще 600 тыс. С июня по декабрь 1941 г. Красная Армия и Военно-Морской флот потеряли убитыми, умершими от ран, оказавшимися в плену и пропавшими без вести 3138 тыс. человек; ранеными, контуженными, заболевшими 1336 тыс. человек; лишились более 6 млн. единиц стрелкового оружия, 20 тыс. танков и САУ, 100 тыс. орудий и минометов, 10 тыс. самолетов. Территория СССР, занятая вермахтом, превысила 1,5 млн. кв. км, что в три раза больше, чем территория Франции.

Ставка ВГК, командование фронтов, военачальники и командиры разных степеней учились искусству ведения войны в крайне сложной обстановке, допуская порой почти неизбежные ошибки. Стойкая оборона Бреста, Лиепаи, Таллина, Могилева, Ленинграда, Киева, Одессы, Севастополя, Смоленска и другие сражения способствовали срыву гитлеровского плана молниеносной войны. Но в начале октября 1941 г. стратегический фронт на главном, московском, направлении оказался прорванным. 20 октября Москва и прилегающие к городу районы были объявлены на осадном положении. Обстановка достигла критического рубежа, когда противник форсировал канал Москва – Волга и на одном из северо-западных участков фронта прорвался к пригороду советской столицы.

Однако постепенно в развернувшейся до крайнего ожесточения борьбе все большее значение приобретали твердость духа советского народа и его самоотверженность на фронте и в тылу, превосходящие материальные возможности страны. Сотни тысяч участвовали в развернувшейся партизанской и подпольной борьбе, организованной в оккупированных врагом районах. Только в Подмосковье в 1941 г. действовали 41 партизанский отряд и 377 диверсионных групп.

С каждым месяцем сопротивление советских войск усиливалось, совершенствовалось искусство организации оборонительных действий. Это лишало врага возможности вести наступление в запланированных им темпах. Если первые три недели войны фашистские войска продвигались в среднем по 20–30 км в сутки, то с середины июля по 7 августа этот темп снизился до 3,5–8,5 км в сутки. Еще в сентябре враг был остановлен у стен Ленинграда, в ноябре – у Ростова-на-Дону, а в начале декабря – под Москвой.

Входе стратегической обороны Красная Армия нанесла врагу огромный урон. Только сухопутные войска вермахта с июня по ноябрь 1941 г. потеряли на советско-германском фронте убитыми, ранеными и пропавшими без вести свыше 750 тыс. человек. Значительными были немецкие потери в танках, авиации, артиллерии и других видах вооружения.