В послевоенные годы, будучи все еще военно-морским офицером, Кусто разразрабатывал технологии освобождения французских гаваней от мин, а также занимался исследованием кораблей, потерпевших крушения.

Жак Ив Кусто

Кусто удостоился чести стать президентом Французских Океанографических компаний, после чего в 1950 году купил свое знаменитое судно «Калипсо» («Calypso»), на котором проплыл по самым интересным местам планеты, включая и некоторые реки. Результатом трех его путешествий была серия книг и фильмов, один из которых выиграл главный приз на Каннском кинофестивале в 1956 году. Его работы стали огромным вкладом в популяризацию знаний о биологии подводного мира.

В1963 году Кусто совместно с ЖаноУотером (Jean Wouters) разработал подводный фотоаппарат, названный ими «Калипсо-Фот», лицензия на который была позже передана Никону, после чего этот фотоаппарат стал производиться под маркой «Калипсо-Никкор» («Calypso-Nikkor»), а затем – «Никонос» («Nikonos»).

Вместе с Жаном Молляром (Jean Mollard) Кусто создал SP-350 – подводную лодку на двух человек, которая могла достигать глубины 350 метров. Успешный эксперимент был повторен в 1965 году на двух субмаринах, опустившихся на глубину 500 метров.

Выдающиеся заслуги Кусто в исследовании подводной жизни привели к тому, что он был назначен директором Океанографического музея в Монако. Вообще за свою жизнь Кусто не только проявил изобретательские и исследовательские способности, но и зарекомендовал себя отличным организатором. Он создал Группу подводных исследований в Тулоне, был руководителем экспериментальной программы, связанной с длительным погружением под воду и первыми подводными человеческими колониями. Кусто стал первым иностранцем, который удостоился чести быть принятым в Американскую академию наук.

Популярность Кусто стремительно возрастала. В октябре 1960 года Евроатом намерился захоронить в море огромное количество радиоактивных отходов. Кусто развернул шумную кампанию протеста, которая получила широкую поддержку общества. Поезд, перевозящий отходы, был остановлен женщинами и детьми, усевшимися на рельсах, в связи с чем смертоносный состав вынужден был вернуться назад, к месту отправления. Опасности загрязнения окружающей среды удалось избежать. В ноябре того же года Монако с официальным визитом посетил президент Франции Шарль де Голль. Его встреча с официальными лицами была превращена в дебаты по поводу событий прошедшего октября. До этого французский посол предложил принцу Рэйнье не затрагивать эту болезненную тему. Однако президент якобы дружеским тоном попросил Кусто быть благосклонным к ядерным исследованиям, на что Кусто будто бы ответил: «Нет, сэр, это ваши исследователи должны быть благосклонны к нам». Во время разгоревшейся дискуссии Кусто узнал, что причиной французских ядерных экспериментов и исследований был отказ американцев поделиться с союзниками своими секретами в этой области.

В 1974 году Кусто создал Общество Кусто, призванное защищать жизнь обитателей океана. Это общество насчитывает сегодня более 300 тысяч членов.

В 1977 году, совместно с Питером Скоттом, он получил награду от Организации Объединенных Наций за защиту окружающей среды. А несколькими годами позже президент Соединенных Штатов Джимми Картер вручил ему Медаль Американской Свободы (American Liberty Medal).

В 1992 году Кусто был приглашен в Рио-де-Жанейро на международную конференцию по защите окружающей среды, проводимую Организацией Объединенных Наций, после чего он стал постоянным консультантом ООН и Всемирного Банка.