В 1887 году В.Е. Чернов переехал в Москву, где был назначен главным врачом больницы святой Ольги, и вскоре стал приват-доцентом Московского университета, где начал преподавать учение о детских болезнях. В 1889 году Чернова назначили экстраординарным профессором на кафедру детских болезней Университета святого Владимира в Киеве.

Чернов активно участвовал в организации медицинского дела в стране. Он был участником Четвёртого съезда Общества русских врачей в Москве, бактериологического съезда в Пятигорске в 1903 году, Первого международного гигиенического конгресса в Нюрнберге в 1904 году. С 1892 года он был директором Киевского Мариинского детского приюта, за заботливость «о благоустройстве и обеспеченности» которого в 1893 году удостоился благодарности Государыни Императрицы.

В 1896 году Чернов был назначен директором Киевского Бактериологического института. Кроме того, он был организатором и директором детской клиники при Александровской больнице в Киеве, а также учредителем педагогического совета Медицинского общества при Высших женских курсах, одним из основателей Общества борьбы с заразными болезнями, организатором женских курсов Общества трудовой помощи интеллигентным женщинам, состоял членом Физико-медицинского общества в Киеве.

Чернов был первопроходцем применения антидифтерийной сыворотки А.Д. Павловского в Юго-Западном крае, внёс значительный вклад в формирование и развитие школы киевских педиатров. Он устроил дневной приют для бедного населения в построенном им здании в Киеве на Зверинце, бесплатно отвёл площадь для устройства 2-х классной министерской школы в своём имении в Верхнячке Уманского уезда. Кроме всего прочего, Чернов являлся директором свекло-сахарного завода «Верхнячка».

Политическая деятельность

«Гроза, пронёсшаяся над Россией в 1905 году, и ещё больше та грязь и позор, которые она за собой оставила, заставили Василия Егоровича из мирного учёного стать передовым борцом за русские национальные идеалы», – говорилось в одном из некрологов Чернова.

В 1908 году совместно с Анатолием Савенко Чернов стал организатором и первым председателем Киевского клуба русских националистов. Клуб вскоре стал одной из ведущих организаций консервативного направления в Юго-Западном крае, он собрал национально-ориентированных представителей киевской интеллигенции, духовенства, купечества и других сословий различных политических взглядов. Всех их объединяло стремление охранения национальной идеи русского народа (который тогда включал в себя белорусов, великороссов и малороссов).

13 мая 1910 года при обсуждении доклада Д.Я. Балясного «Финляндский вопрос в его прошлом и настоящем» Чернов отметил: «Сановники, заботясь только о собственной карьере, о собственном благополучии, или помогали финляндцам, или предательски молчали. У них не было гражданского мужества, чтобы бороться за правду и права России. Таков вообще правящий Петербург, бездушный, безнародный. Спасение наше – в обновлении сил власти посредством тесного соприкосновения с живыми силами народной стихии».

Чернов был решительным сторонником принятия законопроекта о введении земства в Западной Руси, о чём заявлял Императору Николаю II Александровичу и председателю правительства П.А. Столыпину, которого называл «глубоким патриотом и глубоким националистом», и сильно возмущался, когда правая группа Государственного Совета провалила законопроект.

Среди семейных реликвий Черновых-Паншиных долго хранилась белая фуражка Василия Егоровича с пятнами крови Столыпина: Чернов как раз был в Киевском оперном театре, когда Богров стрелял в премьер-министра, и оказывал смертельно раненому Столыпину первую помощь.