В рамках Росавиации создано новое структурное подразделение – Управление сертификации авиационной техники (УСАТ), именно оно занимается подтверждением соответствия требованиям федеральных авиационных правил юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, осуществляющих разработку и изготовление воздушных судов и другой авиационной техники, выдачей документа, удостоверяющего изменение ранее утвержденной типовой конструкции гражданского воздушного судна, аккредитацией органов по сертификации и испытательных лабораторий (центров), проведению обязательной сертификации гражданских воздушных судов, авиационных двигателей, воздушных винтов и бортового авиационного оборудования гражданских воздушных судов и др.[5]

Осуществляет полномочия по проведению государственного контроля за обеспечением соответствия требованиям к летной годности и к охране окружающей среды типовой конструкции гражданского воздушного судна, авиационного двигателя или воздушного винта либо изменения их типовых конструкций.

В результате перераспределения функций в аппарате Министерства транспорта к функциям ФАВТ отнесен ряд позиций, ранее числящихся за Росаэронавигацией, а именно: оказание государственных услуг по аэронавигационному обслуживанию пользователей воздушного пространства Российской Федерации, в том числе по организации воздушного движения, обеспечения электросвязи, предоставления аэронавигационной и метеорологической информации.

Федеральному агентству воздушного транспорта предоставлено право активно влиять на обеспечение транспортной безопасности. ФАВТ утверждает результаты оценки уязвимости объектов транспортной инфраструктуры и транспортных средств, утверждает планы обеспечения транспортной безопасности объектов транспортной инфраструктуры и транспортных средств, производит категорирование объектов транспортной инфраструктуры и транспортных средств и ведет соответствующий реестр.

Согласно п. 7 Положения о ФАВТ введенном в действие Постановлением Правительства Российской Федерации от 30.07.2004 № 396 – «Федеральное агентство воздушного транспорта не вправе осуществлять нормативно-правовое регулирование в установленной сфере деятельности и функции по контролю и надзору, кроме случаев, устанавливаемых указами Президента Российской Федерации и постановлениями Правительства Российской Федерации».

Полномочия федерального органа исполнительной власти могут быть преданы также международной организации. Органом, которому федеральным законом, указом Президента РФ, Постановлением Правительства РФ предоставлены полномочия федерального органа исполнительной власти в соответствующей области деятельности и на который возложена ответственность этого органа, является Межгосударственный авиационный комитет.

Основные направления деятельности МАК были: разработка авиационных норм, правил и требований; сертификация авиационной техники, аэродромов и оборудования; информация по безопасности полетов; расследование авиационных происшествий на территории стран-участниц соглашения с участием гражданских воздушных судов.

В конце 2015 года было подписано постановление о передаче в России ключевых функций МАК по сертификации авиатехники, ее разработчиков и изготовителей российским Минтрансу, Минпромторгу и Росавиаци и создании новой структуры для этих целей – ФАУ «Авиационный регистр РФ» (Aviation register of the Russian Federation). «Основной целью и предметом деятельности ФАУ «Авиационный регистр Российской Федерации» является выполнение работ в сфере обязательной сертификации в гражданской авиации, в том числе гражданских воздушных судов, авиационных двигателей, воздушных винтов и бортового авиационного оборудования гражданских воздушных судов. Приказом ФАВТ от 4 октября 2016 года № 763 утвержден Устав федерального автономного учреждения «Авиационный регистр Российской Федерации».