При сопровождении бомбардировщиков Пе-2 зенитками был подбит Як-1 лейтенанта Ивана Калабушкина из 562-го иап. Летчик совершил вынужденную посадку на брюхо, а через несколько дней вернулся в часть. И-153 и Пе-3 из 120-го и 95-го авиаполков в сопровождении МиГ-3 из 34-го и 445-го иап наносили штурмовые удары по немецким войскам в районе Юхнова. При этом было сбито 6 МиГ-3 из 34-го полка и погибло 3 летчика (Алексей Макаров, Иван Дыкин и Владимир Фокин).
12 октября силы люфтваффе наиболее активно действовали в районе Калинина, Можайска и Малоярославца. Штурмовики и пикирующие бомбардировщики наносили удары по линиям обороны, дорогам и местам выгрузки войск, а также колоннам на марше. Разведчики совершали полеты над железнодорожными линиями вокруг Москвы, в первую очередь в районах Серпухова и Каширы, Коломны и Рязани. Были совершены налеты на Клин, Кубинку и Бронницы, при этом повсюду самолеты разбрасывали пропагандистские листовки с призывом прекратить бессмысленное сопротивление и сдаваться. Особенно сильный удар был нанесен в 08.15 по аэродрому Кубинка. 9 Ju-88 сбросили около 200 осколочных бомб, которыми было повреждено множество самолетов ВВС Западного фронта, а также 3 Як-1 из 563-го иап. В районе Медыни в ходе штурмовки советских войск были сбиты зенитным огнем сразу 2 ВГ-110 W.Nr. 3719 «S9+MP» и W.Nr. 3788 «S9+EP» из 6-й эскадрильи SKG210. Все члены их экипажей погибли или пропали без вести.
В течение дня корпус выполнил 485 вылетов и доложил о 15 сбитых самолетах. Больше всего отличились на этот раз летчики 564-го иап. Младшему лейтенанту Петру Веселкову, лейтенанту Александру Бухтаревичу, сержанту Александру Дятлову были засчитаны сбитые лично Me-109. Младший лейтенант Дмитрий Мухомедзянов из 178-го иап в районе Тарусы сбил Ju-88, а лейтенант Иван Заболотный в районе станции Барыбино – Ju-88.
В ночь на 13 октября в условиях нулевой видимости (прожекторы не работали, ночные истребители в воздух не поднимались) 1-й корпус ПВО снова отражал налет на Москву. Зенитные батареи вели слабый заградительный огонь, израсходовав 1354 снаряда, а дежурный по штабу потом написал, что немцы «сбросили бомбы за городом». При этом Главное командование вермахта сообщило, что «в течение прошедшей ночи бомбардировщики наносили удары по важным военным объектам в Москве».
Тем временем ситуация, особенно на правом фланге, стремительно ухудшалась, а тыловые аэродромы быстро превращались в прифронтовые, которые стали регулярно подвергаться авиаударам. В 08.15 был совершен налет на Липицы, не причинивший, правда, серьезных повреждений. Было ранено 2 летчика. Днем пятерка И-16 из 495-го иап буквально под огнем немецких танков эвакуировалась из Мигалово в районе Калинина на аэродром Власьево. Из-за частых перебазирований командование 6-го иак утратило связь с рядом полков, а централизованное руководство частями на время прекратилось. Сведения о действиях подразделений носят отрывочный характер. В течение дня истребители 6-го иак выполнили 450 вылетов, решая задачи по прикрытию Москвы, железнодорожных перевозок на участках: Фрязево – Костырево, Москва – Коломна, Шатура – Окатово, а также Иваньковской ГЭС, канала Москва – Волга от Кимр до Дмитрова и Тулы. Полки донесли о 6 сбитых самолетах. Больше всех отличился младший лейтенант Виктор Талалихин из 177-го иап, которому было записано сразу 2 сбитых Не-111 (не подтверждается документами противника). В тот же день корпус получил пополнение в виде 28-го иап (17 МиГ-3), который перебазировался из Рязани в Люберцы.
К концу дня немецкие танки, совершившие стокилометровый бросок вдоль правого берега Волги и значительно оторвавшиеся от своей пехоты и тыловых частей, достигли юго-западной окраины Калинина. За город завязались упорные бои, однако, несмотря на отчаянные контратаки разрозненных советских частей, немцам при поддержке штурмовиков из II.(Sch)/LG2 удалось закрепиться. В тот же день на другом конце фронта была оставлена Калуга.