При подходе катеров к району устья реки Тосны с левого берега Невы по ним был внезапно открыт огонь из орудий, минометов и пулеметов. Расстрелянные в упор, катера затонули почти со всем личным составом[19].

А на следующий день корабли Ладожской флотилии впервые вступили в бой с немцами, когда канонерская лодка «Селемджа», бронекатера БК-99 и БК-100 открыли огонь по берегу в районе Ивановского. Их пальба была такой интенсивной, что к исходу дня закончились снаряды. Тогда тральщик ТЩ-122 старшего лейтенанта Ф.Л. Ходова начал доставлять на корабли боезапас. В тот же день корабли флотилии получили приказ уничтожить все технические средства на левом берегу Невы, которые нельзя переправить на другой берег, удерживать разведенным Кузьминский мост (сводить его только для наших частей) и создать дозоры на Неве для противодействия попыткам противника форсировать реку.

Тем временем в ночь на 2 сентября «Хейнкели» из KG4 «Генерал Вефер» совершили налет на Шлиссельбург. Основной удар наносился по Угольной пристани и рейду, где стояло множество различных судов. При этом часть самолетов сбрасывала на парашютах мины донные LMB. Поскольку советские моряки были уже давно знакомы с этими «адскими машинами», их падение было сразу замечено. Тральщики ТЩ-63, ТЩ-100, «антимагнитные» катерные тральщики «Коммунист» и «Комсомолец» получили приказ немедленно начать траление. Однако обнаружить мины не удалось. А уже в 8.37 2 сентября у правого берега реки напротив Угольной пристани под катером Р-34 прогремел мощнейший взрыв. В результате он быстро затонул вместе со всем экипажем. В этот же день в районе Прохоровской дачи в результате авиаудара была потоплена баржа с эвакуированными из Карелии.

3 сентября около причала в городке Новая Ладога, расположенном в устье реки Волхов, в ходе очередного налета был сильно поврежден пароход «Симферополь». При этом произошел вопиющий случай, говоривший о том, что отнюдь не все граждане в этот роковой час думали о спасении страны и Ленинграда. Среди тяжело раненных пассажиров судна оказался и известный советский государственный деятель, публицист и шахматист Александр Федорович Ильин-Женевский. Не приходя в сознание, он умер в госпитале, при этом местные героические санитары обокрали покойного, вынув у него из карманов именной револьвер, золотые часы и бумажник. Пораженная столь откровенным мародерством, жена Ильина-Женевского, известная балерина, покончила с собой.

4—5 сентября корабли Ладожской военной флотилии вместе с эсминцами и канонерскими лодками Отряда кораблей реки Невы под командованием капитана 1-го ранга В.С. Черокова, стоявшими у станции Понтонная, вели огонь по противнику в районе села Ивановского. При этом корабли подвергались постоянным ударам авиации. 5-го числа немецким летчикам удалось повредить канонерскую лодку «Селемджа». От близкого взрыва бомбы пострадали левый борт и палуба, вышла из строя часть оборудования.

Фюрер ликовал и уже готовился праздновать победу. Вечером 5 сентября он провел совещание в «Волчьем логове», своей секретной гауптквартире в Восточной Пруссии, после которого начальник Генерального штаба сухопутных войск генерал-оберст Франц Гальдер записал в своем дневнике: «Ленинград. Цель достигнута. Отныне район Ленинграда будет «второстепенным театром военных действий». Исключительно важное значение Шлиссельбурга. Для полного окружения Ленинграда по внешнему кольцу (до Невы) потребуется 6–7 дивизий. Сильные пехотные части сосредоточить по возможности за Невой. Окружение с востока; соединение с финнами. Танки (корпус Райнхарда) и авиация (части 1-го воздушного флота) возвращаются в прежнее подчинение. Необходимо очистить от противника побережье. Соединение с финскими войсками следует пытаться осуществить в районе Лодейного Поля»