А. И. Немировский выдвинул версию о том, что некоторое время Митридат скрывался на Боспоре Киммерийском, где был радушно принят царем Перисадом V. Но вряд ли эта теория состоятельна. Если бы такой факт имел место быть, то античные авторы однозначно бы о нем упомянули. Но нет, пишут, что скитался царевич по своей стране.

Е. А. Молев предположил, что Митридат прятался у царя Малой Армении Антипатра, который по достижении беглецом совершеннолетия помог Евпатору вернуть отцовское наследство. А когда его протеже утвердился на престоле, то добровольно передал Митридату свои владения, поскольку не имел прямых наследников. В принципе, ситуация аналогичная бегству Митридата на Боспор Киммерийский – всё то же самое, только вид сбоку. Утверждать наверняка ничего нельзя, поскольку никаких сведений в письменных источниках об этом не сохранилось. Вряд ли власть в Понте Митридат вернул при помощи войск Антипатра, поскольку здесь ключевым моментом являлась поддержка законного наследника Эвергета внутри страны.

Есть большая вероятность того, что здесь своё решающее слово сказала армия, поскольку, если судить по тому, что приключилось с Дорилаем Тактиком, военным ничего хорошего ждать от Лаодики не приходилось. Раз у государства нет активной внешней политики, то зачем тогда ему тратиться на армию? Соответственно, всё это било как по командному, так и по рядовому составу. С другой стороны, недовольство могли выражать и торговые круги Понта, которым усиление торговой конкуренции со стороны римских купцов было очень невыгодно. Все это в совокупности и могло привести к тому, что отстранение от власти Лаодики стало вопросом времени. В 116 г. до н. э. Митридат возвращает себе царство отца.

Всё, что случилось с ним в эти годы, приучило молодого базилевса очень серьезно относиться к своей безопасности и навсегда сделало подозрительным по отношению к окружающим. Об этом сохранилось свидетельство Плиния Старшего: «…Митридат, величайший из царей своего времени, которого разбил Помпей, больше всех своих предков заботился о своей жизни, что, кроме молвы, известно и по фактам».

И снова в небе пылала комета. Пылала так ярко, что людям на земле казалось, будто небеса залило огнём и боги начали новую войну с гигантами. Закрыв четвёртую часть небосвода, своим блеском звезда затмевала солнечный свет, вселяя в народы страх и отчаяние, пугая как бедняков, так и царей. Семьдесят дней горела она, предвещая великие бедствия и потрясения. В эти судьбоносные дни Митридат Евпатор прибыл в Синопу.

Возвращение законного правителя было триумфальным, поскольку никто в стране не захотел сражаться за регентшу. Население Понта видело, что власть в государстве медленно, но верно прибирают к рукам римляне, а примеров того, как живут под их властью другие народы, было предостаточно. Отношение к сыновьям волчицы было самое негативное, обогащаться их ценностями никто не желал. Поэтому, когда началась расправа над врагами молодого царя, это было воспринято как должное и не вызвало никакого возмущения.

В отличие от многих правителей эпохи эллинизма, Митридат не стал убивать свою матушку, а просто посадил её в тюрьму, изолировав от общества не в меру активную женщину. Правда, Саллюстий пишет следующее: «Митридат вступил на царство в ранней юности, после того как мать его была отравлена ядом». Однако здесь есть один тонкий момент. Дело в том, что в дальнейшем историк называет в числе убитых родственников не мать, а сестру, которую Евпатор убил вместе с братом Хрестом. Сестру, так же как и мать, звали Лаодикой, и нет ничего удивительного в том, что могла произойти путаница, поскольку сестру Евпатор как раз и убьёт. Но об этом будет рассказано чуть позже.