Победа левого крыла «Кхмер Иссарак» в войне и полевение политического курса Камбоджи, со сближением с Китаем, конечно, многим кхмерским националистам не нравилось. Тем более, что на выборах в Национальное собрание 23 марта 1958 года победило Народно-социалистическое общество Сангкум, и в парламент прошли видные политики левой ориентации, в том числе Ху Ним и Кхиеу Самфан. Ответом националистов на это стал т. н. «Бангкокский заговор», в который вошли личный советник короля и политический советник ЦК Сангкум Сам Сари, основатель «Кхмер Сереи» Сон Нгок Тхань и министр госбезопасности и военный губернатор провинции Сиемреап генерал Дап Чхуон. У них были широкие планы, включавшие в себя отторжение провинций Сиемреап и Кампонгтям для учреждения «Свободной Кампучии» и начала войны за свержение Сианука^>11. Заговор, по всей видимости, поддерживался спецслужбами Таиланда и США. Однако, королевские войска под командованием Лон Нола 25 февраля 1959 года стремительно захватили провинцию Сиемреап, генерал Дап Чхуон был смертельно ранен в перестрелке, около 100 участников заговора были арестованы. Заговор был ликвидирован. За эту операцию Лон Нол был назначен на пост главнокомандующего вооруженными силами Кампучии.

С этого момента начинается постепенное изменение политического курса Кампучии, которое и приведет к перевороту в 1970 году и началу новой крупномасштабной гражданской войны. Осложнение внешнеполитического положения, вооруженные провокации на границе, враждебность Южного Вьетнама, а также деятельность кхмерских националистов вели к тому, что реальная власть постепенно переходила в руки военных, в первую очередь в руки Лон Нола. Тем более, что вскоре после подавления «Бангкокского заговора», 31 августа 1959 года произошел взрыв в королевском дворце, а 11 октября на улице был убит главный редактор газеты «Прачеачун» – органа движения, созданного бывшими участниками «Кхмер Иссарак» из его левого крыла. Уже к 1963 году военные добились практически полной независимости в своей деятельности в приграничных провинциях, в пяти провинциях были назначены военные губернаторы.

В то же время Сианук стал создавать систему личной власти, с опорой на Сангкум. Через несколько месяцев начался кризис в самой королевской семье. 3 апреля 1960 года умер король Сурамарит и возник вопрос о престолонаследии. Сианук тогда отказался от престола за себя и своих детей (что не помешало ему потом вернуться на королевский престол). Совет королевства принял решение о создании Регентского совета и передал власть главы государства в руки председателя Национального собрания. Сианук же организовал 5 июня 1960 года референдум о политическом курсе страны, на котором 99,98% избирателей высказались за Сангкум. После этого Сианука попросили взять верховную власть, Регентский совет был распущен и 20 июня 1960 года Сианук становится главой государства. По существу, это был государственный переворот.

Эти события 1959-1960 годов серьезно изменили политическую обстановку в Камбодже, заставив кхмерских коммунистов перейти к активной нелегальной деятельности по укреплению своей партии и подготовке борьбы. Ни в одной биографии Пол Пота не объясняется, почему это 28-30 сентября 1960 года состоялся II съезд Народно-революционной партии Кампучии, который прошел нелегально, в товарном вагоне на железнодорожной станции Пномпеня. На нем Пол Пота и Иенг Сари выбрали членами ЦК партии и от этого съезда отсчитывается восхождение Пол Пота к лидерству среди кампучийских коммунистов.