Положение в Камбодже радикально изменилось в 1940 году, после поражения Франции в Европе. В ноябре 1940 года Таиланд потребовал у правительства Виши возврата территорий, которые в XIX веке были захвачены французами и присоединены к Камбодже. Это стало причиной франко-тайской войны на сухопутной границе и на море. Несмотря на то, что французам удалось одержать победу над тайским флотом, на суше французские войска потерпели неудачу. В конце января 1941 года было подписано перемирие, а 11 марта 1941 года был подписан мирный договор, по которому Франция, под давлением Японии и ввиду военной неудачи, уступила Таиланду часть территории Лаоса и Камбоджи (в Камбодже провинции Баттамбанг и Сиемреап). В августе 1941 года Япония ввела свои войска в Камбоджу.

Франко-тайская война и японская оккупация стали первыми шагами на пути к большой гражданской войне. Они ослабили власть колониальной администрации и это обстоятельство создало благоприятные условия для развития движения за независимость.

В конце японской оккупации, в марте 1945 года молодой король Сианук (назначенный королем в 1941 году генерал-губернатором Жаном Жеку), с которым будут так или иначе связаны все последующие события, вплоть до завершения войны в Камбодже в начале 1990-х годов, объявил о создании независимого королевства Камбоджа и первым изменил название страны на Кампучия. Так оно произносится на кхмерском языке. Премьер-министром правительства стал известный борец за независимость и основатель националистического движения «Кхмер Сереи» Сон Нгок Тхань. После подписания капитуляции Японии в сентябре 1945 года, в октябре французы восстановили свою власть в Камбодже, арестовало Сон Нгок Тханя и выслало его во Францию. Сторонники «Кхмер Сереи» бежали в часть Камбоджи, которая контролировалась Таиландом и позднее образовали там движение «Кхмер Иссарак».

В те времена националистические и коммунистические организации в Камбодже тесно смыкались между собой на почве общей борьбы с французским колониализмом, и потому многие лидеры, которые потом безжалостно воевали между собой и убивали друг друга, были в 1940-е и 1950-е годы знакомы и даже дружили. Так, будуший Пол Пот – Салот Сар, вхожий за счет родственных связей в высшие круги пномпеньского общества, в то время был весьма дружен со своими будущими противниками – братьями Лон Ноном и Лон Нолом^>2. Выходец из состоятельной семьи чиновника в Компончанге, Лон Нол даже, вероятно, оказывал Салот Сару протекцию после обучения во Франции. Во французском колледже в Компончанге Салот Сар познакомился и со своими товарищами Ху Нимом и Кхиеу Самфаном. После того, как они поступили в королевский лицей Сисовата, Салот Сар познакомился с учащимся этого лицея Иенг Сари.

Круг, из которого вышли будущие враги, был очень узким, и там все так или иначе знали друг друга. Скажем, весьма вероятно давнее знакомство Сианука и Салот Сара, поскольку старший брат будущего лидера коммунистов – Лот Суонг работал в королевском дворце, а его двоюродная сестра Меак была наложницей короля^>3.

Переплетие националистов и коммунистов также вряд ли удивительно в свете того, что в Камбодже в 1950-е и 1960-е годы была весьма популярна идея кхмерского буддистского социализма, поддерживаемого членами королевской семьи, в том числе и Сиануком^>4. Сианук в какой-то момент сделал эту идею официальной политической идеологией. Связующая нить между кхмерскими националистами и коммунистами порвалась только в 1970 году, вместе с переворотом Лон Нола.

Некоторая идейная общность камбоджийских коммунистов и националистов позволяла им вступать в коалиции для достижения общих целей. Так, в апреле 1950 года левые националисты во главе с Сон Нгок Минем и коммунисты во главе с Ту Самутом (он происходил из семьи кхмеров, проживавших во Вьетнаме, и был членом Вьетминя – коммунистического движения за независимость Вьетнама от Франции и Японии, образованного во время Второй мировой войны) образовали Единый национальный фронт Кампучии, а в 1951 году на основе разделения Компартии Индокитая на национальные партии, создали Народно-революционную партию Кампучии.