Более важными для разрешения этой загадки являются те обстоятельства, которые в первый раз выдвинули на арену истории будущего героя. В Субботове, в деревне, расположенной по левому берегу Тасмины, находилась его слобода, маленькое поместье, принадлежавшее к чигиринской старостии. Основываясь на законе, запрещавшем казакам плебейского происхождения создавать подобные угодья, управитель старостии, Чаплинский, стремился изгнать его оттуда. Отсюда возник процесс, в котором с успехом было пушено в ход неблагородное происхождение владельца слободы.
До этого случая все составляет загадку в жизни Богдана. Одно лишь его присутствие при Цекоре и плен у татар являются почти вероятными данными. Кажется также, что он служил потом в Бродах у Потоцкого. Подобно многим другим, он, без сомнения, оставил дом польского магната, чтобы на некоторое время предаться грабежам с казаками Запорожья, составить себе состояние и зажить в окрестностях Чигирина. Он получил некоторое образование, благодаря своему пребыванию в школе лембергских иезуитов, но, кажется, он учился только в первых классах, и если у Коховского он говорит по-латыни, – Костомаров и вслед за ним другие историки не считаются совершенно с этим, – то лишь потому, что тот сам писал на этом языке. Среди своих неграмотных сотоварищей ученик иезуитов мог безусловно сойти за ученого, и они посылали его несколько раз с депутациями в Варшаву по поводу возникших в 1635 году споров о построении уже упомянутой Кодакской крепости. На почве этого факта возникли два других восстания, в течение которых крепость была взята и гарнизон под командою француза Мариона был вырезан. Главари восстания, Сулима и Павлюк, в свою очередь подверглись участи Наливайко, в 1637 году, под Кумейки, и новый трактат о подчинении временно обезоружил казаков. Хмельницкий при этом фигурировал в качестве писаря запорожского войска.
Он не долго выполнял эту функцию. Едва подсохли чернила на трактате, как лица, подписавшие его, возобновили борьбу под начальством Остранина или Остраницы, казака родом, вероятно, из города Остра на московской границе, и на этот раз борьба окончилась тем, что «рыцари Запорожья» потеряли право назначать своих атаманов и других начальников или чиновников, выбор которых, сохраненный теперь за правительством республики, должен был отныне падать лишь на подданных, принадлежавших к знати. Хмельницкий, будучи исключен по этому поводу или по какому-нибудь другому, теперь упоминается уже как простой чигиринский сотник.
Созданный таким образом новый порядок был очень тягостен для побежденных, подчиняя их бесповоротно авторитету польского «комиссара» и сопровождаясь репрессиями, по всей вероятности преувеличенными местными летописями, но крайняя жестокость которых подтверждается даже польскими историками. Теперь уже королем был Владислав IV, и польское правительство должно было с сожалением прибегнуть к ним, за недостатком других средств прекратить эти восстания, так как они, учащаясь и усиливаясь, грозили страшным кризисом. Лично король склонялся к умеренности и даже к некоторой снисходительности по отношению к казакам, которую многие из его подданных считали неуместной.
Одним из его первых начинаний явилось обнародование эдикта о религиозной терпимости, доходящей до признания православной иерархии, установленной патриархом Феофаном. Последнее вызвало в свое время протест Святого престола и с тех пор не переставало наводить католических писателей на самые горькие размышления. Взяв пример с государя, польские власти Украйны также со своей стороны отказались от злоупотреблений, неизбежных в известных нам условиях. В 1647 году, несмотря на постигшую его немилость, Хмельницкий сам признал это, отправив жалобу к главному королевскому генералу, Николаю Потоцкому, по поводу несправедливости, жертвою которой он считал себя, и присоединив к своей просьбе ряд указаний на другие случаи, когда тот, к кому он обращался, неоднократно считал своим долгом вмешаться в пользу попранной справедливости. При этом бывший писарь уже льстил себя надеждою, что лучше успеет, если обратится с апелляцией к самому королю.