Интенсивность обучения в университете была такова, что отец, как всегда мудро, ему пишет:

«28/XI 1902. Дорогой Павлуша, … Твоя гоньба за материалами мне кажется имеет и вредную сторону. Человек – не только потребитель, но и производитель и потому и то и другое должно иметь границы, за которые переходить опасно. В одном случае явится… так сказать умственное отупение, в другом – поверхностность. Ты в настоящее время грозишь себе потонуть в материалах и убить в себе творчество. Оригинальных мыслителей среди библиоманов очень мало, а зерно великих идей и мыслей заключалось часто в мечтаниях весьма наивных людей, не знавших даже грамоты. Твое детство было в этом отношении удивительно творческое, отчего в нем, как сам пишешь, ты и находишь столько материалов для будущих работ…. Не бойся возражений и даже поражений: ведь дело не в личном самолюбии, … а в том, чтобы вносить живую струю в жизнь всех наших начинаний».

В других письмах отца было много интересных сентенций проясняющих образ мыслей Павла Флоренского, например, письмо: «24/XII 1902… постановка тобою этой задачи скорее годилась бы как философская тема, чем как узко-математическая. Уметь себя самоограничить – великая вещь для будущего». Потом эту мысль отца он в своих письмах выскажет уже своим детям. А пока отец давал ему советы:

«Насчет твоего участия в “Новом Пути”, … я бы желал, чтобы ты на этом пути что-либо сделал и тема о суевериях – очень интересная и важная. Выяснить значение в каждый данный момент известной суммы суеверий, предрассудков, необходимость их … как связующего начала». И далее очень по-современному:

«… пожалуйста пиши, только не распекай либералов… Были говоруны, проповедники, теперь – секты. Но ведь это вечная история всех мировоззрений.… Для меня не важно различие в мыслях, противоположность в мировоззрениях, а отсутствие мысли, хотя для общественной деятельности для партийных людей, т. е. массы, за исключением вожаков, отсутствие мысли, кажется, есть основа силы партий».

К концу обучения в МГУ стала все более заметной в его познании внутренняя потребность, о которой он писал ранее – соединение научного и духовного опыта. Из писем видно, что его общефилософский, гуманитарный подход требовал новых знаний и опыта. Ситуация также усугублялась тем обстоятельством, что он, как высоко эрудированный человек с богатым воображением, с детства привык углубленно и уединенно заниматься интересующими его предметами и потому непросто сходился с людьми. Это зачастую было вызвано не только отсутствием опыта коммуникации, но и четким пониманием духовной ограниченности большинства окружающих. Именно поэтому он очень ценил людей, которые духовно были ему близки, но и влияние этих людей на его жизнь и поступки были также сильными, и во многом его судьба определялась этим обстоятельством. Как он относился к людям и понимал их можно увидеть из писем 1904 года отцу и матери: «15-1-1904. Дорогой папочка!.. на Рождество познакомился кое с кем из интересных людей, … когда я зашел к Бугаеву и застал у него всех или почти всех московских знаменитостей, по преимуществу из молодых. Был там и Бальмонт, читавший свои стихи, и Брюсов и т.д.; все люди разных направлений и убеждений, но не бесцветные. Были теософы умные и теософы захлебывающимся голосом от волнения говорившие банальности, спириты, неоромантики, символисты и т.д., и т.д. и люди, ничего не смыслящие в поэзии. Сами по себе эти вечера не особенно интересны, …но очень полезны, т.к. дают возможность познакомиться с людьми, которых бы нигде не увидел