За неполные 10 лет монашеской жизни преподобный Сергий основал Борисоглебский монастырь недалеко от Ростова и Благовещенскую обитель на Киржаче. Игумен Митрофан умер, и братия долго уговаривала Сергия принять сан игумена.

«И пришел преподобный Сергий в свой монастырь, в обитель Святой Троицы. И начал блаженный учить братию. Многие люди из различных городов и мест пришли к Сергию и жили с ним. Понемногу монастырь увеличивался, братья умножались, кельи строились.

Преподобный Сергий труды свои все более умножал, старался быть учителем и исполнителем: и на работу раньше всех шел, и на церковном пении раньше всех был, и на службе никогда к стене не прислонялся» (Житие).

Согласившись принять сан игумена, преподобный Сергий пешком отправился в Переяславль-Залесский к заменившему тогда отсутствующего митрополита Алексея и управлявшему Русской православной церковью волынскому епископу Афанасию.

В 1353 г. Афанасий возвел Сергия в сан иподьякона. Через некоторое время он стал иеродьяконом, а затем и священником. С 1354 г. Сергий Радонежский игумен Троицкого монастыря.

После принятия сана Сергий не изменил своего образа жизни. Он по-прежнему брался за любую работу и все делал для людей. Ночами он усердно молился, а ранним утром уже был в церкви. Из храма он также уходил последним.

Пищей Сергия всегда были хлеб и вода, а в дни поста он не ел ничего. Но тяготы жизни не отражались на его здоровье, а лишь все более закаляли его, придавая силы для новых испытаний и подвигов.

В Житии рассказывается о том, как однажды в монастыре было очень голодно. Монахи еще жили каждый отдельно и сами распоряжались всем, что имели. У Сергия закончился хлеб. После трех дней вынужденного голодания он решил наняться на работу к монаху, который хотел пристроить к келье сени.

Монах боялся, что преподобный дорого возьмет за работу, но Сергий успокоил его, сказав, что будет рад получить оплату в виде нескольких кусков черствого хлеба, да и то только после завершения трудов. Лишь на заходе солнца Сергий, окончив работу, помолился и съел полученный хлеб.

Есть в Житии еще одно предание про преподобного, рассказывающее о том, как один крестьянин, желая увидеть Сергия, не признал его, одетого в ветхое рубище и копавшего землю на огороде. Когда же крестьянин увидел прибывшего в обитель богатого князя, низко кланявшегося старцу, то спросил у монахов имя бедно одетого инока.

Узнав, что это и есть игумен Сергий, крестьянин склонился перед преподобным в глубоком поклоне и попросил прощения, что не признал в нем великого угодника. Сергий успокоил человека: «Не скорби, чадо. Ты один правильно думал обо мне, говоря, что я простой человек. Прочие же ошибаются, почитая меня великим» (Житие).

Борис Зайцев в XX в. писал: «О, если б его увидеть, слышать. Думается, он ничем бы сразу и не поразил. Негромкий голос, тихие движения, лицо покойное, святого плотника великорусского. Такой он даже на иконе – через всю ея условность – образ невидного и обаятельного в задушевности своей пейзажа русского, русской души. В нем наши ржи и васильки, березы и зеркальность вод, ласточки и кресты и не сравнимое ни с чем благоухание России. Все – возведенное к предельной легкости, чистоте».

С 1355 г. в монастыре был введен новый устав общинножития. До этого в Московской Руси монастыри были в основном особножительные (келиотские), где монахи жили в кельях и сами владели своим имуществом. Такие монастыри основывались князьями и боярами.