Во время войны она, будучи капитаном дальнего плавания, доставляла на судах типа «Либерти» из Америки в порты советского Дальнего Востока грузы по Ленд-лизу— военную технику, автомобили и продовольствие, в основном консервы, которые в шутку называли «вторым фронтом». Она неоднократно попадала под бомбежки японской авиации и атаки немецких подводных лодок, которые иногда оказывались в этих широтах.

Защитив диссертацию, А.И. Щетинина долгое время преподавала и была деканом судоводительского факультета в Ленинградском Высшем Инженерном Морском Училище, и, наконец, решила вернуться во Владивосток, где в трудные для страны годы начинала свою морскую карьеру. В то время на весь Советский Союз было всего три высших инженерных морских училища: во Владивостоке, Ленинграде и Одессе, где готовили для торгового флота командный состав с высшим инженерным образованием.

Возглавив кафедру морской практики в ДВВИМУ, А.И. Щетинина, кроме чисто лекционных занятий много времени посвящала практике, прививая морские навыки будущим капитанам. Она устраивала курсантам встречи с известными капитанами дальнего плавания, организовывала экскурсии в музеи морского флота и на вернувшиеся из дальних плаваний теплоходы.

Ее постоянно можно было видеть среди курсантов в шлюпочной гавани, расположенной на берегу Амурского залива прямо перед окнами многочисленных корпусов училища. В училище был довольно большой парусный «флот», на котором получали первую морскую практику будущие моряки. В числе этого «флота» было более сорока шестивесельных ялов, несколько парусно-весельных двухмачтовых баркасов, около сорока различного класса яхт и мелких весельных лодок типа каноэ, байдарок и других.

Надо отметить, что Анна Ивановна, будучи уже в не молодом возрасте, также выходила с курсантами второго и третьего курса в парусно-гребные двухдневные походы на остров Песчаный, с ночевками, палатками, кострами и рыбалкой. И это тоже приносило ей огромный авторитет и уважение среди молодых будущих моряков и капитанов.

Как только сходил снег и устанавливалась теплая погода, плавсредства училища вытаскивались из эллингов, где они хранились всю зиму и курсанты все свободное от занятий время, как муравьи, облепляли их и до наступления темноты чистили лодки, соскабливали с них старую краску, конопатили, шпаклевали, красили, шлифовали, чтобы «флот» был готов к выходу на просторы Амурского залива.

За судами общего назначения – ялами и баркасами ухаживали сообща, а яхты и весельные лодки были расписаны за курсантами старших курсов и они с помощью курсантов младших курсов «вылизывали» их до блеска. Руководил этими работами начальник лодочной станции, бывший боцман, которого все запросто называли Романыч. Кроме эллингов, где зимой хранились плавсредства, на лодочной станции стоял двухэтажный домик, на первом этаже которого была небольшая такелажная мастерская, а на втором этаже размещался кабинет Романыча. Это был его командный пункт, с которого он наблюдал в мощный бинокль за курсирующими по Амурскому заливу подшефными ему шлюпками и яхтами.

Здесь же было его рабочее и спальное место, поскольку в летнее время он практически не уходил с лодочной станции. В углу за небольшой ширмой стояла армейская кровать, а над ней в маленьких шкафчиках были сложены морские флаги расцвечивания. На крыше дома был оборудован наблюдательный пункт с несколькими флагштоками. Во время шлюпочных учений на этом наблюдательном пункте постоянно находился вахтенный, который наблюдал за находящимися на акватории залива шлюпками. В случае возникновения нештатной ситуации или получения извещения о надвигающейся буре, что здесь бывало довольно часто, он поднимал на флагштоках сигнал тревоги и шлюпки срочно возвращались на лодочную станцию.