В 1478 году Великий Новгород со всеми землями, включая Вотскую Пятину, присоединен великим московским князем Иваном III к Московскому государству. С этого времени Ладожское озеро и Нева служили главным путем, по которому будущая Россия вела заграничную торговлю – с Турку, Колыванью-Таллином, Швецией, Данией, Ригой, Готландом, Ганзой.

В 1492 году против Нарвы была построена русская крепость Иван-город. В Финском заливе действовала русская морская стража.

В XV веке Ижорская земля, за исключением восточной и юго-восточной части, была покрыта непроходимыми лесами и болотами. Крупными населенными пунктами были Ям-Кенгисепп, Копорье, Иван-город, Орешек-Шлиссельбург.

В Ливонскую войну 1558–1583 годов, в царствование Ивана Грозного, шведы в 1582 году захватили все русские крепости в Ижорской земле и владели ими, оставив России лишь узенькую полоску от Стрельны до Лисьего Носа и устья Невы. В 1595 по Тявзинскому договору Московское царство вернуло Карелию и Ингрию. В 1609 году во время Смуты, шведы начали интервенцию и вновь завладели Ингрией, построив в устье реки Охты свою крепость Ниеншанц. Город Орешек был переименован в Нотебург. Столбовский мир 1617 года сделал Швецию полной обладательницей всей Ингрией, лишив Россию выхода к Балтийскому морю.

В.М. Мавродин писал: «Население земель, отошедших к Швеции – русские и карелы, – стало массами переселяться в Россию, спасаясь от тяжкого гнета со стороны шведских властей, феодалов, лютеранской церкви. Карельский перешеек запустел. Почти все карелы покинули свой родной край, расселяясь по новгородским, тверским, московским землям. Шведское правительство стало переселять сюда в Ингерманландию, как стала называться захваченная Швецией древняя Ижорская земля, Вотская Пятина, финнов из центральных областей Финляндии».

В 1656 году русское войско во главе с Петром Пушкиным и Петром Потемкиным взяли Орешек. Прошло несколько кровопролитных боев, но границы не изменились.

В период Северной войны России и Швеции Петр I, твердо желая возвратить и расширить владения России у Балтийского моря, в ноябре 1702 года взял Орешек-Нотебург и переименовал его в Шлиссельбург. В мае 1703 года был взят Ниеншанц. Отряд гвардии во главе с Петром на 30 лодках в абордажном бою захватил два корабля шведской эскадры, стоявших в Финском заливе, в устье Невы. «Под градом ядер, гранат и пуль, сыпавшихся на царскую флотилию, взлетали русские на суда, где смерть являлась во всех видах».

В мае 1703 года на небольшом острове Енисаре-Заячьем, лежащем на большой Неве, была заложена крепость, ставшая Санкт-Петербургом, изумительной и блестящей столицей Россией. Над возведением крепости работали русские войска, карелы, олончане, новгородцы, пленные шведы. Петр повелел присылать из внутренней России рабочих и мастеровых, работавших посменно. Почти тогда же на Березовом острове был построен порт, биржа, торговые ряды, дом Петра.

Для защиты острова с моря зимой 1703 года на острове Котлин была построена крепость Кроншлот (с 1723 года Кронштадт), в 1704 – Адмиралтейская крепость. В 1703 году русские войска взяли Ям и Копорье, в 1704 году – Иван-город. В 1710 году были взяты Кексгольм-Карела, а 13 июня – Выборг. Петербург был прочно прикрыт он нападения.

В 1708 году Петербург, все более заселяемый, уже мог называться городом, и «городом европейским». В декабре 1708 года он стал главным городом Ингерманладской губернии. В 1710 году Ингерманландская губерния была переименована в Санкт-Петербургскую.

Полтавская победа 1709 года упрочила существование Петербурга, о котором Петр писал с поля сражения генерал-адмиралу Апраксину: «Камень основания невского города нашего наконец утвердился». Россия стала «спокойным» властелином Ингрии и большей части Карелии. Царь повелел чтобы его министры и знать переселялись в Петербург. Во избежании пожаров было повелено строить каменные дома, хотя по началу строились и мазанки.