Противник ждал, что Моро направится на Регенсбург, но 8 и 9-го тот не двигался, а 10-го начал отходить на свои прежние позиции и отрядил генерала Дезе с 12 000 человек на розыски Самбро-Маасской армии, находившейся к этому времени в 80 с лишним лье от него. Дезе в ночь с 11 на 12-е переправился через Дунай в Нейбурге и 12-го прибыл в Эйхштет, откуда 14-го выдвинулся на Гейдек, на полпути к Нюренбергу. Там он узнал все подробности о событиях, происшедших за долгое время, и об оттеснении Самбро-Маасской армии на Рейн. Он пошел назад и 16-го присоединился к армии на Дунае. Между тем генерал Латур, узнав про движение Дезе, направился вперед и завязал малозначительные бои на всем фронте, но, получив сведения о слабости отряда Дезе и о превосходящих силах, оставшихся на правом берегу Дуная, он стал действовать с осмотрительностью.

Жан-Виктор Моро (1763–1813). Гравюра Э. Монса с оригинала А. Руссо. Из «Альбома столетия…» (Париж, 1889)

Покинув Рейн, эрцгерцог оставил в крепостях: в Майнце 15 000 человек пехоты и 1200 кавалерии, в Эренбрейтенштейне – 3000 человек пехоты, в Мангейме – 8000 человек пехоты и 300 кавалерии и в Филиппсбурге – 2500 человек пехоты и 300 кавалерии. Журдан оставил на р. Майн дивизии Марсо, Пенсе, Боннара – 26 000 человек – для блокады Майнца и Эренбрейтенштейна. Но против Мангейма и Филиппсбурга Моро оставил только подвижную колонну в 2800 человек пехоты, кавалерии и артиллерии, под командованием бригадного генерала Шерба, которую он выделил из гарнизона Ландау. Эрцгерцог тотчас же по своем прибытии на Лан приказал генералу Петраш оттянуть девять батальонов из гарнизонов Мангейма и Филиппсбурга, атаковать генерала Шерба и захватить кельские и гюнингенские предмостные укрепления. Генерал Шерб был все еще в Брухзале. Boвремя узнав о событиях от перебежчиков, он 13 сентября перешел в отступление и отошел на Кель, еще полностью не восстановленный. Петраш последовал за ним и 18-го атаковал с вчетверо большими силами, но потерпел неудачу и потерял много людей. Этим успехом французы отчасти обязаны усердию, проявленному страсбургской национальной гвардией.

Моро был сильно встревожен боем, чуть не помешавшим его отступлению. Он почувствовал необходимость приблизиться к Рейну и начал свое отступление. Он переправился обратно через Лех в тот же самый день, когда Журдан перешел обратно за Рейн. 20-го он занял позицию за Шмуттер, 21-го – за Миндель, 22-го – за Гюнц. Он двигался тремя колоннами: Ферино командовал левой колонной, Сен-Сир – центральной и Дезе – правой, считая по направлению отхода. Генерал Фрелих следовал за Ферино, Латур – за Сен-Сиром, генерал Науендорф шел по левому берегу Дуная, на одной линии с Дезе. Крепость Ульм, не имевшая никакого гарнизона, была, к счастью, занята отрядом Монришара на 24 часа раньше, чем генерал Науендорф подошел к ней. 24-го французская армия заняла позицию на Иллере, причем Ферино опирался на Мемминген и Дезе на Ульм. 25, 26 и 27-го она продолжала свое отступление. Дезе, следуя по левому берегу Дуная, направился на Эинген. Через 6 часов после того как он покинул Ульм, туда вошли австрийцы. 27-го армия прибыла на Федер-Зее. Там она узнала, что генерал Петраш занял все проходы Шварцвальда, а шварцвальдские города захвачены восставшими крестьянами. 28-го генерал Латур атаковал по всему фронту, но был повсюду отражен. Генерал Науендорф, до тех пор составлявший со своими войсками правый фланг австрийской армии, покинул этот участок фронта, двинулся на Тюбинген и соединился с Петрашем на ротвейльской позиции, заняв таким образом крупными силами долины Кинцига и Ренха, в то время как эрцгерцог Карл с корпусом в 12 000 человек прибыл в селение Ренхен, выслав разъезды на Кинциг, около Келя. Генерал Латур, ослабленный вследствие этого, имел не свыше 25 000 человек и оказался под ударом. Однако он стоял лагерем в Швейнгаузене, и ему казалось, что нечего было опасаться. Генерал Моро чувствовал необходимость удалить его, чтобы получить возможность форсировать ущелья. 2 октября он энергично атаковал его в Биберахе. Австрийцы, пытавшиеся оказать сопротивление, были подавлены численным превосходством французов и обратились в бегство, оставив в руках победителя два знамени, несколько пушек и 4–5 тысяч пленных.