Во время Великой Отечественной войны в связи с увеличением количества военных трибуналов (к началу войны в стране функционировало 298 военных трибуналов, а к 1 марта 1942 г. сформировано еще 823) оказалось невозможным обеспечить осуществление правосудия постоянным судебным составом из 3 военных судей. Потому Указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 июля 1942 г. была предусмотрена возможность участвовать в осуществлении правосудия заседателям, которых выделяли политические органы и командование войсковых частей.

Количество военных судей существенно возросло за счет мобилизованных гражданских юристов. Если к началу войны численность военных судей составляла 766 человек, то по состоянию на 1 марта 1942 г. – 3735 человек.

19 апреля 1943 г. издан Указ Президиума Верховного Совета СССР «О мерах наказания для немецко-фашистских злодеев, виновных в убийствах и истязаниях советского гражданского населения и пленных красноармейцев, для шпионов, изменников Родины из числа советских граждан и для их пособников». В соответствии с данным Указом для рассмотрения подобных дел специально учреждались военно-полевые суды, они действовали при дивизиях и корпусах Красной армии. В их состав входили председатель военного трибунала, начальники политического и особого отделов. Военно-полевые суды рассматривали дела немедленно после освобождения занятых противником территорий[61]. В целом деятельность военно-полевых судов во время Великой Отечественной войны не получила широкого распространения (например, за два года (с мая 1943 г. по май 1945 г.) военно-полевые суды 1-го Украинского фронта рассмотрели 221 дело на 348 человек). В основном военно-полевыми судами рассматривались дела только в отношении лиц, пойманных с поличным, и не требовавшие специального расследования. Если же было необходимо всестороннее изучение обстоятельств дела и специальное расследование, то дело передавалось в военный трибунал.

Сокращены были и сроки производства по уголовным делам, если обвиняемые содержались под стражей. Так, совместным Приказом Народного комиссара юстиции СССР, Народного комиссара внутренних дел СССР и Прокурора СССР № 054/0233/199с устанавливалось: «…дела, по которым обвиняемые содержатся под стражей, рассматриваются: народными судами не позднее 15 дней с момента поступления дела в суд, Верховным, краевыми, областными, городскими судами и военными трибуналами – не позднее 20 дней по поступлении дела в суд, если законом не установлен иной более короткий срок».

Деятельность военных трибуналов, безусловно, сыграла большую роль в укреплении дисциплины на фронте и в тылу и, в конечном счете, – в достижении Великой Победы.

После окончания Великой Отечественной войны указами Президиума Верховного Совета СССР от 21 сентября 1945 г. и от 4 июля 1946 г. были признаны утратившими силу указы Президиума Верховного Совета СССР об объявлении в ряде местностей СССР военного положения[62]. Пленум Верховного Суда СССР в Постановлении от 28 сентября 1945 г. указал, что военные трибуналы при рассмотрении уголовных дел, «за исключением военных трибуналов, состоящих при оккупационных армиях, и военных трибуналов, действующих в местностях, объявленных на военном положении», должны применять процессуальные законы мирного времени и не применять отсрочки исполнения приговоров с направлением осужденных в действующую армию и повышенные санкции военного времени[63].

Компетенция военных трибуналов, как и до войны, стала вновь определяться нормами Указа Президиума Верховного Совета СССР от 13 декабря 1940 г. «Об изменении подсудности военных трибуналов»