Превращение харбинский миссии в разведывательный центр по советскому Дальнему Востоку началось осенью 1920 г., после передачи в Квантунскую армию личного состава эвакуированных из Забайкалья миссий в Чите и Верхнеудинске (Улан-Удэ). Приказом военного министра от 8 ноября 1920 г. к управлению армии прикомандировались 23 внештатных сотрудника, в том числе 7 офицеров в звании от лейтенанта до генерал-лейтенанта, 1 гражданский специалист, 3 переводчика и 12 наёмных сотрудников, из которых 5 офицеров, включая генерал-лейтенанта Исидзака Дзэндзиро, полковника Сиотэн Нобутака, капитанов Гига Сэя и Окамото Садамицу, работали в харбинской миссии, а 2 – в цицикарской резидентуре[94].

Однако до ноября 1922 г. харбинская ЯВМ оперировала главным образом в полосе Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД), так как разведкой на территории Забайкалья, Приморья и Приамурья занимались аналогичные миссии в Маньчжоули, Чите, Благовещенске, Хабаровске, Никольск-Уссурийском и Владивостоке, подчинявшиеся командованию Владивостокской экспедиционной армии[95]. В соответствии с решением правительства от 23 июня 1922 г. о выводе японских войск из Дальневосточной республики личный состав и зоны ответственности вышеуказанных миссий к концу осени перешли под контроль ЯВМ в Харбине. По инициативе МИД, опасавшегося вмешательства военных в материковую политику империи и ответной негативной реакции великих держав, Военное министерство приказом от 6 ноября 1922 г. сократило в течение месяца штатную численность ЯВМ в Северной Маньчжурии до 4 старших и 1 младшего офицера, следствием чего стал отъезд в метрополию крупнейшего специалиста по России генерал-лейтенанта Хамаомотэ Матасукэ и ведущего разведчика-китаиста полковника Кудо Гокити, а также закрытие цицикарской резидентуры[96].

Кроме того, после ухода императорской армии из ДВР харбинская миссия и подчинённые ей разведорганы в Маньчжоули и Хэйхэ утратили большую часть агентурных позиций в Приморье, Приамурье и Забайкалье в связи с оттоком оттуда японских мигрантов, составлявших костяк агентурно-разведывательной сети. На связи у харбинской миссии остались в основном компактно проживавшие в Северной Маньчжурии японские переселенцы: согласно докладу начальника штаба Квантунской армии в Военное министерство от 14 января 1924 г., из 100 человек, контактировавших с ЯВМ, 50 были японцами, 30 – китайцами и 20 – русскими[97]. Как правило, японцы являлись агентами-групповодами и проживали в приграничных с Советским Союзом районах: 3 агента находились в Мулине, 2 – на станции Пограничной, 1 – в Муданьцзяне, ещё 1 групповод-кореец и китаец – в Хайлине. Костяк русского агентурного аппарата составляли бежавшие в Китай из России белогвардейцы, как, например, консультант миссии по советским военным вопросам бывший начальник Академии ГШ генерал-майор А.И. Андогский, организатор разведки в районе Пограничная – Никольск-Уссурийский полковник Генерального штаба В.Е. Сотников, бывший приамурский генерал-губернатор Н.Л. Гондатти, его секретарь и по совместительству бывший агент благовещенской резидентуры Н.И. Ландышев, осевший в Харбине помощник начальника владивостокской контрразведки поручик А.Н. Липовицкий, резидент по Амурской области под прикрытием сотрудника газеты «Русское слово» генерал-майор Е.Г. Сычёв[98].

Ряд агентов действовал среди персонала советского консульства в Харбине, о чём свидетельствовали доклады командования армии в Токио: ссылаясь на поступившие оттуда сведения, 31 декабря 1923 г. начальник штаба Кавада сообщил в Генштаб и Военное министерство о том, что «26 декабря дислоцированные в Песчанке два стрелковых полка Красной армии подняли мятеж; посланные из Читы войска после четырёхчасового боя разоружили один полк, а второй со всем вооружением бежал в Монголию»