Помимо указанных в директиве президента ведомств разведдеятельностью традиционно занимался и Государственный департамент, который на протяжении многих лет претендовал на особую роль в обеспечении руководства страны аналитически обработанной информацией. В период разработки президентской директивы Госдеп и некоторые члены аппарата президентской администрации при поддержке ряда законодателей выдвинули предложение о возложении координирующих функций в области разведки именно на внешнеполитическое ведомство страны. Однако президент не торопился с выбором координатора, оставив этот вопрос на дополнительную проработку.

Ситуация в мире тем не менее развивалась таким образом, что требовалось форсировать приготовления к возможному втягиванию страны в грядущую войну. Активизация разведывательных и контрразведывательных мероприятий представляла собой один из элементов подготовки страны к фактически новому состоянию. В этой связи президенту пришлось принять срочные меры для координации разведывательных и контрразведывательных программ ФБР, военной и военно-морской разведки, для чего указом главы государства был сформирован так называемый Межведомственный разведывательный комитет (МРК). При этом приоритет Рузвельт отдал Федеральному бюро расследований, обязав все федеральные ведомства передавать в бюро любую информацию и материалы, касающиеся не только контрразведывательной, но и разведывательной сфер. В сентябре 1939 года, через несколько дней после вступления Великобритании и Франции в войну против Германии, президент США подтвердил полномочия ФБР в качестве координатора контрразведывательной и разведывательной деятельности.

Между тем ситуация с точки зрения сотрудничества спецслужб США кардинальным образом не улучшилась: дублирование функций и соперничество продолжали существенно затруднять работу заинтересованных ведомств. В этой связи в середине 1940 года директор ФБР предложил президенту новый вариант решения проблемы – создать в рамках бюро чисто разведывательный орган и поручить ему ведение внешнеполитической разведки. Однако глава государства не поддержал это предложение из-за опасения сосредоточения разведывательных и контрразведывательных функций в одних руках.

Развязывание Германией агрессии против СССР, а через некоторое время вступление во Вторую мировую войну США самым непосредственным образом отразились на пересмотре функций и организационных структур американской разведывательной системы в целом.

Внезапное нападение Японии на базу американского тихоокеанского флота Перл-Харбор, последовавшее 7 декабря 1941 года, и результаты расследования этого инцидента продемонстрировали все те же недостатки в разведывательном обеспечении. В американских разведслужбах по-прежнему господствовали узковедомственные интересы, наиболее проявлявшиеся в деятельности военно-морской разведки и разведки сухопутных войск. Разведслужбы крайне неохотно делились добытой и проанализированной информацией, передавая ее частично либо с большим опозданием. Эффективность координации разведывательной деятельности также оставалась на низком уровне. В выводах комиссии по расследованию первых военных неудач американских ВС выделялось предложение о немедленных мерах по централизации управления военной машиной страны и разведдеятельностью в частности.

Существенным шагом в этом направлении явилось формирование в начале 1942 года Объединенного комитета начальников штабов ВС США (ОКНШ), а в марте того же года – службы военной разведки в рамках военного министерства, на которую были возложены такие задачи, как сбор информации по всему миру посредством проведения агентурных операций, радиоперехвата, фоторазведки и др. Одновременно были образованы разведывательные подразделения в армейских соединениях на театрах военных действий, которые решали задачи на тактическом и оперативном уровнях. Задачи же авиационной разведки были возложены на военно-воздушные силы, представлявшие собой в тот период род сухопутных войск [51]. Для противодействия разведывательной деятельности противника в отношении ВС США на национальной территории и за ее пределами одновременно была образована служба контрразведки сухопутных войск.