Отношения по обороту водных объектов регулируются гражданским законодательством в той мере, в какой эти отношения не урегулированы ВК РФ. Речь, прежде всего, идет об особой категории водных объектов, на которые законодателем допускается частная собственность. В прежнем ВК РФ это были обособленные водные объекты, а в новом ВК РФ – пруды и обводненные карьеры. Законодатель отказался от несовершенной конструкции обособленных водных объектов. В свою очередь, ранее подпадающие под понятие обособленных водных объектов пруды и обводненные карьеры вместе с прилегающими земельными участками могут быть предметом купли-продажи, аренды и других гражданско-правовых сделок. Поэтому государственный учет этих малых водоемов возможен и нужен не только в рамках водного реестра, но и земельного кадастра, а также реестра прав на недвижимое имущество. Следует иметь в виду, что гражданское право действует и относительно договоров водопользования.

Право собственности – фундаментальное понятие юридической науки и практики. С течением веков европейская правовая мысль стала понимать право собственности как известную триаду: владение (физическое обладание), пользование (возможность эксплуатировать, извлекать полезный эффект из вещи), распоряжение (возможность определять юридическую судьбы вещи, продать, сдать в аренду). Такой же взгляд на собственность разделяется российской правовой теорией и отражается в российском законодательстве.

Согласно ст. 209—211 ГК РФ собственник имеет право владения, пользования и распоряжения своим имуществом, несет на себе бремя содержания и риск гибели имущества. Но уже в самом ГК РФ (ст. 129, 209) устанавливаются своего рода «экологические приоритеты». Свободное владение, пользование, распоряжение землей и другими природными ресурсами ограничено требованием не наносить ущерба окружающей среде. Кроме того, земля и другие природные ресурсы могут отчуждаться и переходить от одного лица к другому иным способом в той мере, в какой их оборот допускается законами о земле и другими природными ресурсами (ст. 129 ГК РФ). Таким образом, применение к природным ресурсам (земля, недра, леса, вода, животным мир) института права собственности имеет свои принципиальные особенности.

Содержание права собственности на водные объекты определяется как гражданским, так и водным законодательством. Согласно водному законодательству характерной чертой права собственности на водные объекты является неполное применение понятия «владение» к водным объектам, ибо сосредоточенная в них вода находится в состоянии непрерывного движения и водообмена. Еще одна особенность права собственности на водные объекты заключается в запрете на отчуждение водных объектов (кроме прудов и обводненных карьеров).