В. Н. Коковцов в период работы товарищем министра финансов руководил департаментами государственного казначейства и окладных сборов, а также был председателем Совета по делам казенной продажи питей. Это повлияло на доскональное изучение им вопросов налогообложения и бюджетной политики государства. В 1895–1897 году проводится денежная реформа направленная на ликвидацию инфляционного бумажно-денежного обращения с введением золотой валюты, подготавливаемая ещё при министрах финансов Н. Х. Бунге и А. И. Вышнеградском, – «окончательно упрочившая кредит России и поставившая кредит России в финансовом отношении наряду с другими европейскими державами»[106]. В этот же период в Министерстве финансов разрабатывается реформа «казенной продажи питей» с целью получения дополнительных прямых доходов в казну в виде, фактически, скрытого косвенного налогообложения, которая планировалась в предыдущие годы и основывалась на идее бывшего Екатеринославского губернатора В. К. Шмеппе. Работа В. Н. Коковцова в эти годы в Министерстве финансов, несомненно, способствовала лучшему пониманию государственного финансового устройства. В 1902 году он уже начальник Главного управления неокладных сборов и казенной продажи питей[107].

Следует отметить также, что дальнейшие условия политической жизни, как ее понимали «сверху», не способствовали выработке программы преобразований. В начале деятельности С. Ю. Витте радикально изменились условия функционирования российской цивилизации: происходила трансформация социальной структуры, шло стремительное техническое обновление всех сторон жизни, расширялось политическое участие общества в жизни страны. После ряда известных событий: денежной реформы; аграрных преобразований, начатых П. А. Столыпиным; революционной ситуации 1905–1907 гг.; учреждения Государственной думы, – проблема реформаторских начинаний на некоторое время была «снята». Николай II считал, что во многом проведенные преобразования, в том числе и учреждение Государственной думы, итак являются слишком радикальными. Монархическая власть не предполагала проведение крупномасшабных реформ, хотя стремительное развитие общественной жизни и технический прогресс требовали более широкой и дальновидной модернизационной программы со стороны властей.

Как считали современники, «вполне правильно признав, что Россия в условиях современности не может сохранить своего международного положения, своей независимости от Западной Европы без развития своей находившейся еще в то время почти в зачаточном состоянии промышленности, министр финансов направил к этой цели всю свою кипучую энергию, превратив министерство в супергиганта (свыше 1000 чиновников только в Центральном аппарате). На сельское хозяйство он смотрел как на нечто уже существующее и не требующее искусственной поддержки, а на представителей рентного землевладения как на людей, не способных толково вести какое-либо производство, а тем более содействовать накоплению капиталов в стране, чему Витте придавал особое значение»[108].

В августе 1903 г. Витте был снят с поста министра финансов, причины чего требуют отдельного рассмотрения. В феврале 1904, в возрасте 51 года, Коковцов, давно ожидая этого, был назначен на данную должность и занимал ее до января 1914 г. (с перерывом с октября 1905 по апрель 1906 г.). Первоначально Николай II назначил на этот пост Э. Д. Плеске. В. Н. Коковцов пребывая в это время был в Париже и узнав об этом назначении был огорчен этим, ибо «считал, что имеет гораздо больше права на место министра финансов, нежели Э. Д. Плеске, что, несомненно, верно»