В конце 50-х гг. империи пришлось в очередной раз столкнуться с серьезными опасностями на Балканах. В 558 г. впервые у византийской границы на Дунае появились авары. По всей видимости, силы аварского каганата были достаточно ограничены, так как вместо немедленных военных действий они предпочли отправить посольство в Константинополь. Посольство аварского кагана Баяна испросило у Юстиниана разрешения поселиться внутри византийских границ на условии защиты империи от нашествия других варваров – таких же кочевых орд, как и сами авары, которые продолжали свое движение по Евразии, двигаясь на запад из своеобразного «этнического вулкана», эпицентр которого находился, вероятно, на территории северного Китая.

Не успела империя договориться с аварами, как через год, в 559 г., у ее границ оказались болгары и славяне. Болгарский хан Заберган захватил всю Фракию и оказался у стен Константинополя. Защиту столицы возглавил Велизарий, и штурм прекрасно укрепленного города был кочевникам не под силу. После безуспешного штурма болгары и славяне попали в устроенную им византийской армией западню, однако Юстиниан решил их великодушно пощадить, вероятно, во избежание непредвиденного поворота военной удачи. На этот раз опасность миновала. С самыми серьезными проблемами славянского нашествия и расселения их на Балканах империя столкнулась в VII в., кризисном для нее во всех отношениях. Но уже здесь проявилась вся уязвимость византийского могущества: Юстиниан мог вести победоносные войны в северной Африке и Испании, а в это время сердце империи – Константинополь – мог подвергнуться смертельной опасности. Это было связано как с его уязвимым географическим положением, так и с неослабевавшим демографическим взрывом и миграциями у кочевых народов. Империя не была стабильной, но это заставляло ее правителей, политическую элиту и народ находиться в постоянной концентрации сил, что позволило государству прожить более тысячелетия.

В 562 г. империя заключила мир с Персией на 50 лет, что было завершением продолжительных конфликтов, начавшихся в 540 г., когда персидский царь Хосров Ануширван воспользовался проблемами Юстиниана на западе и нарушил «вечный мир» 532 г. В 540 г. Персия захватила Сирию и разорила Антиохию, однако благодаря вмешательству того же Велизария империи удалось вернуть утраченную провинцию. Конфликт так или иначе тянулся до начала 60-х гг., когда обе стороны уже потеряли возможность его достойно поддерживать. Благодаря историку Менандру мы знаем подробности переговоров и мирного договора 562 г. Византия вновь брала на себя обязательство платить Персии серьезную ежегодную дань. При этом Юстиниан добился у Хосрова религиозной терпимости для персидских христиан, хотя и с запретом на дальнейшую христианскую миссию в его стране. Что было очень важно для византийцев, так это согласие персов очистить Лазику – область на юго-востоке черноморского побережья. Таким образом, Персия лишалась участия в политических и торговых делах Византии на Черном море.

На этом эпоха правления императора Юстиниана стала приближаться к своему концу. В марте 565 г. скончался Велизарий, с именем которого были связаны очень многие военные успехи той эпохи. А к концу того же 565 г. в возрасте более 80 лет умер Юстиниан, чья надежная помощница и вдохновительница императрица Феодора скончалась еще в 548 г.

Одним из основных результатов царствования Юстиниана является то, что нередко именно с той эпохой связывается максимальный расцвет византийской культуры и государства. После Константина Великого, легализовавшего христианство, Юстиниан является, быть может, самым известным восточноримским – византийским – императором.