Вспышки в портовых городах Северной Америки включали в том числе порты Нью-Йорка и Филадельфии. В эпидемию 1793 года в Филадельфии за четыре месяца скончалось 4044 человека – более 10 % населения города, насчитывавшего менее 40 000 жителей^>15–18. Скорее всего, источником заболевания были комары в бочках с водой на борту кораблей, привезших французских беженцев, спасавшихся от бедствия, вызванного желтой лихорадкой в 1792–1799 годах в Санто-Доминго, на Гаити и в Вест-Индии^>15,16,18.

В 1793 году Филадельфия была столицей Америки. Джордж Вашингтон, Джон Адамс, Томас Джефферсон, Александр Гамильтон и Джон Нокс были свидетелями эпидемии желтой лихорадки и наблюдали, как она прекратила работу правительства США. В июле один корабль, затем другой, потом целая флотилия устремились в порт Филадельфии из Санто-Доминго и Вест-Индии, высаживая толпы беженцев, белых и темнокожих. Голодные и ослабевшие, они наводняли Филадельфию, принося с собой новость о революции, идущей на островах. Они рассказывали о кровавых побоищах, резне, уничтожении плантаций и моровой лихорадке, зверствовавшей на островах, так же, как и о муках от лихорадки на борту кораблей.

Тем летом сильные дожди обрушились на Филадельфию, и развелось множество комаров – напасть для тех, кто жил в городе. Меблированные комнаты «У Денни» на улице Норд-Уотер были излюбленным местом проживания моряков и вновь прибывших; несколько прибывших из Санто-Доминго и других Карибских островов отправились туда, приехав в Филадельфию^>18. Два моряка-француза сняли комнату «У Денни», и один из них вскоре слег с лихорадкой и умер. Через несколько дней умер и второй моряк. Два других постояльца «У Денни» умерли вскоре после этого, и у многих других в городе начиналась лихорадка, а затем они погибали. Лихорадка начала распространяться. Рассказывали о том, что у жертвы болезни «было ужасное состояние, холодные влажные ладони, кожа желтого цвета и отсутствовал пульс», а также, что жертва пребывала «в состоянии сильной подавленности, ее лихорадило, тошнило черной рвотой и из носа часто текла кровь».

Когда был объявлен карантин, не остановивший желтую лихорадку, власти решили, что болезнь не была завезена извне. Вместо этого они утверждали, что местные условия, гниющий кофе у верфей и отбросы на улицах делали воздух гнилостным и болезнетворным^>18,19. Доктор Бенджамин Раш, один из ведущих врачей того времени, советовал всем, кто мог, уехать из города, отправиться в сельскую местность, где воздух был чист^>19. «Есть лишь один способ предотвратить эту болезнь – бежать от нее».

Филадельфия пострадала и от предыдущей эпидемии желтой лихорадки в 1762 году, когда умерло 100 человек; но теперь умирали тысячи. Томас Джефферсон писал из Филадельфии Джеймсу Мэдисону в Вирджинию, рассказывая о лихорадке – о том, что все, кто мог, бежали, и что из каждых трех заболевших один умирал. Александр Гамильтон, секретарь Казначейства, свалился с лихорадкой. Он уехал из города, но когда ему отказали в разрешении въехать в город Нью-Йорк, он повернул к северу штата Нью-Йорк, где находился дом отца его жены в Грин-Буш рядом с Олбани. Там они с женой были вынуждены оставаться под вооруженной охраной, пока сжигали их багаж и одежду, проводили дезинфекцию слуг и кареты.

Клерков в департаментах федерального правительства нельзя было удержать на рабочих местах. В министерстве финансов шестеро служащих заболели желтой лихорадкой и еще пятеро бежали в Нью-Йорк; трое заболели в почтовом департаменте и семеро – в таможенной службе. Документы были заперты в закрытых помещениях, когда служащие покинули свои места. К сентябрю американское правительство прекратило работу. Джордж Вашингтон уехал в Маунт-Вернон: