Положения данного договора, посвященные торговле и купцам, выглядят туманными и неоднозначными, но главное дело состояло в том, что ими открывались внутренние области Китая для регулярных российских торговых обозов. Бюрократическая машина московитов сработала оперативно, и русским дипломатам удалось установить государственный контроль над потенциально выгодным торговым маршрутом. Спустя без малого четыре года после подписания Нерчинского договора высочайшим указом от 30 августа 1693 года утверждались общие и частные инструкции для сибирской таможни и колониальных властей, главные принципы которых оставались в силе без изменений до середины XVIII века. Изначально московиты не пытались на государственном уровне полностью монополизировать свою торговлю с китайцами, то есть закрепить за государством исключительное право на отправку обозов. Все сводилось скорее к пристальному контролю над деятельностью купцов-единоличников и посредников, проявлявших интерес к посещению Пекина и других китайских городов с деловыми целями. Так как в соответствии с положениями Нерчинского договора предусматривалось получение официальных паспортов для всех купцов, намеревающихся посетить китайские территории, указом от 1693 года все сибирские должностные лица уведомлялись о том, что кому бы то ни было запрещалось отправляться в Китай без царского указа и «патента» (грамоты), выдаваемых в официальном департаменте или Сибирском приказе, которому с 1637 года делегировались общие полномочия по управлению делами в Сибирском крае и его приграничных землях. Наличие данных документов проверялось таможенниками в городе Верхотурье на Урале, назначенном официальным пунктом пропуска в Сибирь, а потом еще в Нерчинске, через который осуществлялся выезд на территорию Маньчжурии и самого Китая, а также на всех дорожных станциях, открытых на данном пути. К паспорту купца прилагался полный список и описание всех перевозимых товаров. По ним назначалась и взималась сумма государственных таможенных пошлин. В Верхотурье и Нерчинске взималась обычная сибирская подать в размере 10 процентов (десятины) натурой и выдавалась квитанция, скрепленная государственной печатью. Данную квитанцию проверяли и сверяли с товарами в каждом крупном городе в Сибири; все перевозимые товары, не перечисленные в справке об оплате пошлины, подлежали изъятию в пользу государства. В том случае, когда купца повторно уличали в попытке обмана таможенных служащих, его родственников и домочадцев подвергали допросу с пристрастием с целью выявления предыдущих попыток мошенничества провинившегося купца. Государственным чиновникам и их близким родственникам вне зависимости от звания или должности категорически запрещалось заниматься торговлей с Китаем. Единственное исключение касалось солдат и служилого люда, сопровождавшего обозы в Пекин или работников таможенной станции на границе. Последним из-за их нищенского денежного содержания предоставляли возможность для вложения капитала в частные обозы максимальным размером до 50 рублей.

Царь Петр Алексеевич, к тому времени еще не удостоившийся титула Великий, в 1698 году издал указ, которым несколько ослабил строгие положения инструкций и правил указа от 1693 года. Купцам-единоличникам больше не вменялось в обязанность предоставлять для проверки свои товары в каждом городе и на каждой базарной площади. Достаточно было предъявить его только лишь в начальном и конечном пункте – в Верхотурье и Нерчинске, а работники таможни этих городов отправляли друг другу копию инвентарной описи товаров купца, которые служили просто подтверждением ее достоверности. По-прежнему начислялась таможенная десятина, но только единожды; взималась натурой одна двадцатая веса всех товаров, приобретенных в Сибири, и товаров, вывозимых в Китай. Повторной оплаты не требовалось. С ввозимых из Китая товаров оплачивалась двадцатая часть в Нерчинске, и, даже если их сбывали в Сибири, с купца больше ничего не причиталось. Зато еще одну двадцатую часть сбора платил покупатель.