За несколько лет чаша весов проделала обратный путь и склонилась в пользу Василия Ивановича. Со второй половины 1500 г. начинается его возвышение, он титулуется «великим князем всея Руси», тогда как Дмитрий Внук отходит от государственных дел. Наконец в апреле 1502 г. Иван III окончательно «положил опалу» на Дмитрия Внука и его мать, вдову Ивана Молодого Елену Волошанку. 11 апреля мать и сын были посажены в заключение, а Дмитрий лишился великокняжеского титула. (Оба умрут в заключении спустя несколько лет, вероятно, не без посторонней помощи: Елена Волошанка – еще при жизни Ивана III в 1505 г., а Дмитрий Внук – уже после восшествия на престол своего удачливого дяди и соперника, в 1509-м.) Спустя всего три дня Василий Иванович был посажен на «великое княжение Владимирское и Московское» и стал именоваться «всеа Русии самодержцем» – единственным соправителем и наследником своего престарелого (по меркам Средневековья) отца. Краткая формулировка официального великокняжеского свода заставляет думать, что в апреле 1502 г., как и четырьмя годами ранее, состоялась церемония интронизации Василия с участием его отца и митрополита всея Руси.

Действия Ивана III оказались очень на руку Василию: 17 апреля 1503 г. умерла Софья Палеолог, а осенью Ивана поразил инсульт, и он оказался наполовину парализованным. Пришлось срочно заботиться о судьбе огромного наследия. В конце 1503-го или начале 1504 г. было оформлено завещание Ивана III – как тогда говорили на Руси, духовная, или душевная, грамота. Содержание таких документов всегда было чрезвычайно важным: великий князь, с одной стороны, должен был наделить свое потомство средствами к существованию, с другой же стороны, от распределения владений и материальных ценностей зависело могущество каждого из них. Нельзя было оставить сыновей без наследства, но вместе с тем нельзя было дать каждому из них слишком много, поскольку это могло угрожать позициям преемника на великокняжеском престоле. Этот принцип московские Рюриковичи осознавали еще со времен Ивана Калиты (1325–1340) – именно от его времени дошли до нас самые ранние духовные грамоты московских князей. Документы такого рода показывают, как постепенно усиливались экономические позиции того, кто занимал московский престол, к которому с 60-х гг. XIV в. добавилось безраздельное владение территорией Владимирского великого княжения. С середины XIV в. наследник престола получал примерно столько же городов, сколько и его братья вместе взятые, но при этом города, которые доставались в придачу к московскому столу, были крупнейшими, важнейшими в экономическом отношении. Завещание Ивана III, при котором территория Русского государства пополнилась важнейшими территориями, стало очередным шагом вперед на этом пути. Василий получил 66 городов, а четверо его братьев – всего лишь 30. Система удельных княжеств сохранялась: Юрий Иванович получил Дмитров, Звенигород и Рузу, Дмитрий Иванович Жилка – Углич и половину Ржева, Семён Иванович – Калугу и Бежецкий Верх, Андрей Иванович – Верею и Калугу (впрочем, реальное выделение владений двум младшим братьям Василия было отложено до того момента, пока они возмужают). Одновременно братья Василия получали части территории бывшего Тверского княжества и земель, отошедших к Русскому государству в результате войн с Великим княжеством Литовским. Таким образом, они делались заинтересованными в защите новоприобретенных владений. Сохранялось и Волоцкое княжество Фёдора Борисовича – двоюродного брата Василия Ивановича. В случае возможных выплат Орде с владений Василия предписывалось собирать более 717 рублей, то есть почти в три раза больше, чем с уделов всех его братьев вместе взятых. Таким образом, уделы продолжали оставаться на тех землях, где они и раньше существовали, но территориальный состав княжеств претерпел изменения. Василий Иванович получил больше других вместе взятых, но, как и его предшественники, вынужден был считаться со своими удельными братьями.