Рабочие отряды оказались отрезанными от районов снабжения и регулярных частей Красной Армии. После начала восстания белочешского корпуса Блюхер создал Уральский красный отряд, который в июле вошел в объединенный Уральский партизанский отряд (около 6000 бойцов), сам Блюхер стал заместителем его командира Н. Каширина.

Выступив в поход 18 июля, отряд за 8 дней с ожесточёнными боями дошёл до района Верхнеуральск – Юрюзань, но из-за недостатка сил (4700 штыков, 1400 сабель, 13 орудий) был вынужден вернуться в исходный район. 2 августа раненого Каширина сменил Блюхер. Он реорганизовал отряды в полки, батальоны и роты и предложил новый план похода: через Петровский, Богоявленский и Архангельский заводы на Красноуфимск, чтобы можно было опереться на рабочих, получить пополнения и продовольствие. Начав поход 5 августа, отряд к 13 августа с боями преодолел Уральский хребет, присоединяя к себе многие партизанские силы. Отряд вырос в армию, имевшую в своём составе 6 стрелковых, 2 кавалерийских полка, артиллерийский дивизион и другие подразделения (всего 10,5 тысяч штыков и сабель, 18 орудий), с железной воинской дисциплиной.

20 августа армия разбила в районе Зимино белогвардейские части. 27 августа форсировала с боями реку Симу, заняла станцию Иглино (12 км восточнее Уфы) и, разрушив участок железной дороги Уфа – Челябинск, на 5 дней прервала сообщение белых с Сибирью. К 10 сентября, нанеся новые поражения врагу, прорвала кольцо окружения и 12–14 сентября соединилась с передовыми частями 3-й армии Восточного фронта. Спустя 10 дней армия прибыла в Кунгур, где её основная масса влилась в 4-ю Уральскую стрелковую дивизию.

Итак, в течение 54 дней армия Блюхера прошла свыше 1500 км по горам, лесам и болотам, провела более 20 боев, разгромила 7 вражеских полков. Дезорганизовав тыл белогвардейцев и интервентов, она содействовала наступлению войск Восточного фронта осенью 1918 года. За успешное руководство героическим походом Блюхер первым среди советских военачальников был награждён орденом Красного Знамени. Сам орден, вручённый ему 11 мая 1919 года, имел номер 114. Дубликат ордена № 1 он получил лишь в 1937 году.

В 1918 году Блюхер командовал 30-й стрелковой дивизией в Сибири и дрался против войск А.В. Колчака.

С февраля 1919 года – командующий 3-ей армией.

Блюхер командовал Перекопской ударной группой, наносившей главный удар по армии Врангеля с каховского плацдарма. В боевых операциях войск Южного фронта по освобождению Крыма на долю Перекопской ударной группы выпала наиболее трудная задача: две ее бригады совместно с 15-й и 52-й дивизиями форсировали Сиваш и затем с Литовского полуострова наносили удар во фланг и тыл противнику, две другие штурмовали «неприступный» Турецкий вал с фронта. Блюхер и его бойцы стали героями штурма Перекопа и Ишуньских позиций.

В 1921 году назначен военным министром и Главкомом Народно-революционной армии Дальневосточной республики, провел её реорганизацию, укрепил дисциплину и одержал победу, взяв Волочаевский укрепленный район. Был награждён ещё четырьмя орденами Красного знамени. Блюхер не считался с потерями ради выполнения задачи.

В 1922–1924 годах – комендант и военный комиссар Петроградского укрепрайона. Был назначен комендантом как один из наиболее преданных делу революции (ещё свежа была память о Кронштадтском восстании, хотя сам Блюхер в подавлении восстания не участвовал).

В 1924–1927 годах Блюхер был главным военным советником Чан Кайши в Китае. Под руководством Блюхера создавалась Национально-революционная армия Китая и разрабатывались планы важнейших операций Северного похода армии Гоминьдана.