Боги не считались с волей людей, поэтому Афродита внушила Елене любовь к Парису, которой красавица не могла противиться. Была и другая версия мифа, высказанная древнегреческим поэтом Стесихором. Когда он написал песнопение о похищении Елены Парисом, он в ту же ночь ослеп. Поэт взмолился богам с просьбой об исцелении. Тогда в сновидении ему явилась Елена и сказала, что это наказание за то, что он сочинил про нее такие недобрые стихи. Стесихор сложил тогда новое песнопение – о том, что Парис увез в Трою совсем не Елену, а только ее призрак, настоящую же Елену боги перенесли в Египет, и она пребывала там, верная Менелаю, до самого конца войны. После этого Стесихор прозрел. На эту версию мифа опирался и греческий драматург Еврипид в трагедии «Елена».

Как бы там ни было, брак Менелая и Елены распался, Елена оказалась в Трое, оскорбленный Менелай призвал на помощь всех, кто во время сватовства к Елене поклялся защищать честь ее избранника. Войско было собрано. Любопытно, что когда греки отправлялись под Трою и уже были готовы пуститься в путь из гавани Авлиды, один из военачальников прогневал богиню Артемиду, которая потребовала принести ей в жертву Ифигению, ту самую незаконную дочь Елены, принятую Клитемнестрой и Агамемноном. В самый момент Артемида сжалилась и заменила Ифигению козой.

Когда Елену доставили в Трою, Парис смог уговорить своего отца Приама, царя Трои, разрешить жениться на ней, Елена была вынуждена подчиниться. Сначала спор между державами решено было решить поединком Менелая и Париса. В этом бою отважный и опытный Атрид почти одолел противника, но Афродита вмешалась и вновь помогла своему любимцу Парису. Военные действия стали неизбежны. Троянская война длилась десять изнурительных лет. Конечно, наивным было бы полагать, что причиной столь длительного противостояния была женщина, пусть даже такая прекрасная, как Елена. Были и политические, и экономические причины столь настойчивого желания греков одолеть непоколебимую Трою. Но Менелай все это время не переставал ревновать и любить свою супругу.

Несмотря на «любовь к Парису», за десять лет, пока Елена была женой Париса, она так и не родила ему ребенка. В «Илиаде» Гомера Елена тяготится своим положением, так как чары Афродиты, вызвавшие чувство к Парису, уже развеялись. В 4-й песне «Одиссеи» Елена рассказывает, как во время войны она помогла Одиссею, тайно проникшему в город.

Троянская война близилась к концу. Парис погиб под стенами Илиона, Елену взял в жены его брат Деифоб. Благодаря хитрому плану Одиссея, греки проникли в город. Деифоб пал под разящим ударом самого Атрида Менелая. Обманутый муж, найдя Елену, уже занес меч над головой неверной, чтобы отомстить за свой позор. Но при виде ее лица в расцвете красоты любовь вспыхнула в нем с новой силой, меч выпал из рук, и он заключил Елену в объятья. Еврипид в своих «Троянках» утверждал, что Менелай хотел убить Елену, но она повинилась перед мужем за свое прошлое поведение, уверив, что пыталась бежать к нему в греческий лагерь, но часовые не пропустили ее.

На обратном пути в Спарту корабли Менелая попали в бурю. Ураган пригнал героя на Крит. Менелай побывал в Ливии, Финикии, Кипре и только с 5 судами прибыл в Египет. Пространствовав 8 лет по Востоку, он был задержан на некоторое время на острове Фарос и терпел голод, пока не смог спастись и отправиться на родину. Имя Менелая носила гавань у Арданиды (Киренаика). С его слов египтяне записали на стелах историю Троянской войны. В египетской версии мифа Менелай прибыл в Египет с призраком Елены, чтобы найти настоящую Елену. Призрак Елены вознесся на небо, а истинная Елена, перенесенная к берегам Нила и ожидавшая здесь во владениях Протея своего супруга все десять лет войны, возвратилась к мужу.