Марафонской битве предшествовали следующие события. В 491 году до н. э. персидский царь Дарий отправил посольство в Грецию, требуя от греков покорности. Некоторые греческие полисы признали власть персов, но Спарта и Афины отказались это сделать и убили персидских послов. После этого, летом 490 года до н. э., персидский флот, состоявший из шестисот судов (включая особые корабли для перевозки лошадей), был собран в Киликии и отплыл оттуда для покорения Греции. Покорив Наксос, персы высадились на Эвбее. После шести дней осады главный город Эвбеи, Эретрия, был сдан в результате измены, разграблен и сожжен, а жители обращены в рабство. Затем персы переправились через пролив и, по совету перешедшего на сторону персов бывшего афинского тирана Гиппия, высадились на равнине под городом Марафон. Согласно современным данным, армия персов насчитывала около двадцати тысяч человек, из них половину составляла конница. Командовали персидским войском два полководца – Датис и Артаферн.

Как только было получено известие о том, что персы высадились на Марафонской равнине, афиняне спешно отправили скорохода просить о помощи спартанцев. Однако спартанцы медлили, и девяти– или десятитысячное афинское ополчение поддержала только тысяча воинов из соседнего городка Платеи. Афинянами командовали десять стратегов, сменявшихся по обычаю каждый день, однако в чрезвычайных обстоятельствах все стратеги отказались от своих прав в пользу Мильтиада, как самого опытного и лучше всех знавшего персидские воинские порядки.

Мильтиад выступил в поход и привел афинское войско во Франскую долину, соединенную довольно узким проходом с более обширной Марафонской равниной. Эта небольшая долина имела непосредственное сообщение с Афинами через горы. Здесь, во Франской долине, недалеко от ее выхода на равнину Марафона, там, где горы еще давали обоим флангам прикрытие, которое было к тому же усилено вырубкой деревьев, он построил свое войско так или велел ему стать лагерем таким образом, чтобы при первом известии о приближении врага оно могло выстроиться в боевом порядке. Ввиду того что долина, несмотря на искусственную преграду, все еще оставалась слишком широкой, Мильтиад не имел возможности дать своей фаланге желательную глубину, и поэтому он ослабил центр и укрепил оба фланга, чтобы они могли, даже выйдя из-за укрытия, оказать мощное давление на персидскую конницу в случае фланговой атаки.

Расположение греков, между прочим, развенчивает хорошо известную легенду о том, что афиняне атаковали первыми. С точки зрения военного искусства, это нонсенс. Покидать хорошо подготовленную позицию и атаковать заметно превосходящего числом противника в чистом поле, при опасности фланговых обходов – такое мог сделать только исключительно бездарный полководец. Мильтиад к ним явно не относился. Созданный им строй как раз и предполагал атаку персов по центру, с последующими фланговыми ударами греков против персидской конницы – схема, сходная с классической битвой при Каннах. И можно предположить, что Марафонское сражение началось именно с атаки персов.

Мильтиад построил греческую фалангу при входе в Марафонскую долину. На правом фланге находились лучшие афинские гоплиты, левее выстроились остальные воины по филам; левый фланг составил отряд платеян. Правым крылом предводительствовал Каллимах, левым флангом командовал Аемнест.

Итак, битва началась, по всей видимости, с атаки персов. На обоих флангах неприятель был отбит афинянами и платейцами, но в центре перевес был на стороне персов. После этого Мильтиад дает сигнал к атаке беглым маршем, с целью уменьшить воздействие стрельбы опытных персидских лучников. Беглый марш позволял быстро преодолевать поражаемое стрелами пространство и морально воздействовал на противника.