Столь любимые русской душою паломничества к почитаемым святыням начались для Елисаветы Феодоровны, когда она была еще протестанткой. Путешествие в 1888 г. вместе с Сергеем Александровичем, председателем Православного Палестинского Общества, на Святую Землю, паломничество и участие в освящении храма св. Марии Магдалины в Гефсимании укрепило ее решимость перейти в Православие. Она была на торжествах прославления преп. Серафима Саровского в Сарове и в Дивееве, и духовная связь с преподобным и с Саровом – Дивеевым с годами крепла. После гибели Сергея Александровича паломничества заняли важное место в ее жизни и служении. Она участвовала в торжествах прославления прп. Анны Кашинской, свт. Гермогена в Москве, свт. Иоанна Тобольского. Часто паломничества сочетались с посещением почитаемых подвижников: о. Алексия в Зосимовской пустыни, архим. Гавриила в Седмиезерной пустыни под Казанью (когда старец Гавриил был переведен в Спасо-Елеазаровскую пустынь под Псковом, поездки к нему Елисаветы Феодоровны стали регулярными), старцев Оптиной пустыни, Киево-Печерской Лавры и др. Сохранились подробные описания ряда ее путешествий: в Архангельск и на Соловки, в Екатеринбург и в Верхотурье, по Казанской епархии, по Уфимской епархии в Николо-Березовский монастырь. По просьбе епископа Уфимского Нафанаила Елисавета Феодоровна взяла миссионерскую деятельность в епархии под свое попечение. В сохранившихся письмах и документах видно, что она не только духовно возрастала в этих паломничествах, но и помогала решать проблемы этих далеких и близких монастырей и одновременно укрепляла духовные связи этих святых мест и народа с престолом. Народ и духовенство принимали ее как посланницу и представителя самого государя. Об этой радости народной от встречи ее как посланницы государя она неизменно писала и рассказывала императору Николаю II. Торжественными богослужениями сопровождались поездки Царской семьи и Елисаветы Феодоровны по городам Нижний Новгород, Владимир, Кострома, Ярославль, Ростов Великий в дни празднеств трехсотлетия дома Романовых (1913 г.). Всюду присутствие Елисаветы Феодоровны – Великой Матушки, известной всей России своими делами милосердия – помогало воодушевить добрый порыв народный в отношении к государю и его семье.

После гибели Сергея Александровича она всю свою жизнь направила на молитву и служение людям. Она писала в год организации Марфо-Мариинской обители А.Н. Нарышкиной, с которой раньше много общалась по делам благотворительности: «Если бы Вы знали, до какой степени я чувствую себя недостойной этого безмерного счастья, ибо, когда Бог даст здоровье и возможность работать на Него, это и есть счастье… люди, страдающие от нищеты… должны получать хотя бы немного христианской любви и милосердия – это меня всегда волновало, а теперь стало целью моей жизни. Говорят, что есть люди, которые хотят уйти из мирской жизни, покинуть ее, я же, наоборот, хочу войти в нее… У меня нет ни ума, на таланта – ничего у меня нет, кроме любви к Христу… Я не покидаю тех, кому я нужна, кого знала до того, как начала это новое дело; есть обязанности, отношения, которые не должны от этого пострадать…»

Среди тех людей и дел, кого она не покидала, были прежде всего царь Николай и его семья, а также Императорское Православное Палестинское Общество и проблемы Святой Земли. Она с глубокой ответственностью приняла огромный груз Палестинского общества на себя и несла его до самого конца. Проблемы семьи императора усложнились с появлением Григория Распутина, которого Елисавета Феодоровна воспринимала как зло и беду, и, сколько могла, пыталась устранить его от двора. Убийство Распутина она расценила как «патриотический акт» и после этого сделала последнюю попытку открыть Николаю II глаза на грозные признаки предсмертной агонии власти царя и правительства. Она писала в своем последнем письме императору: