Обоих де Авила, наиболее активных, судя по всему, заговорщиков, задержали, допросили и быстро казнили на площади Сокало, а их головы, насаженные на пики, «украшали» площадь на протяжении нескольких месяцев^>238. Луиса Кортеса также обвинили и приговорили к смертной казни, но приговор так и не привели в исполнение. Ряд других высокопоставленных criollos поместили под домашний арест^>239. Повсюду царили беспокойство и страх, а самая богатая энкомьенда Мешико, в Куауитлане, принадлежавшая де Авила, перешла во владение короны^>240.

Обвинения против criollos ожидали прибытия нового вице-короля Гастона де Перальты и нового прокурора Сеспедеса де Карденаса, который отплыл из Санто-Доминго. Перальта был человеком добросердечным, терпимым, умным и не склонным бросаться в крайности. Он прибыл в Веракрус со своей женой Леонорой в июле 1566 года (это первый случай в истории, когда вице-короля Новой Испании сопровождала супруга) и вскоре направился в Мешико, вчитываясь по пути в бесчисленные противоречивые доклады о положении дел в Новой Испании^>241. Он официально принял бразды правления в столице в декабре. Своим распоряжением он сразу остановил все судебные процессы против заговорщиков, лично изучил собранные доказательства, а также встретился с некоторыми обвиняемыми. Он проявил снисхождение к Мартину Кортесу и выпустил того из тюрьмы, а потом даже пригласил в качестве гостя на турнир. Это разозлило судей, привыкших проявлять власть, и те принялись сочинять компрометирующие истории о связях Перальты с предполагаемыми французскими лазутчиками (это всегда было удобной отговоркой для испанцев). Им также удалось подстроить гибель мягкого, «всепрощающего» отчета Перальты по дороге в Веракрус, а их собственный доклад, с гораздо более суровыми обвинениями против вице-короля, быстро добрался до совета по делам Индий.

В июне 1567 года Филипп II учредил комиссию из помощников судей^>242 для расследования предполагаемого заговора. Вице-королю Перальта велели возвратиться в Испанию, а замещать его было поручено судье Алонсо де Муньосу (другой судья, Гаспар де Харава, скончался во время плавания), но без принятия титула вице-короля. В марте 1567 года Перальта составил подробную докладную записку о проблемах, с которыми ему выпало столкнуться в ходе своего расследования^>243.

Муньос был полной противоположностью Перальте. Он отличался нетерпимостью и активно строил новые тюрьмы; эти «муньосские подземелья» начали возводиться еще до того, как судья добрался до Новой Испании. Шестьдесят четыре человека затем обвинили в заговоре, восемь из них приговорили к смертной казни (семерых фактически казнили), а остальные подверглись штрафам или ссылке из столицы. Шестерым criollos пришлось отправиться на галеры в Оран в Северной Африке. Братьев Бальтасара и Педро де Кесада, Кристобаля де Онате и Бальтасара де Сотело повесили, затем растянули на дыбе и четвертовали без каких-либо доказательств их вины. Слуг Алонсо де Авилы тоже казнили. Братьев Боканегра (Бернардино, Фернандо и Франсиско) выпороли и подвергли разновидности пытки водой. Никто из них не признался, поскольку им не в чем было признаваться. Бернардино де Боканегру освободили по апелляциям его матери и жены, однако ему предписали двадцать лет службы на королевских галерах и лишили всей собственности. Другие criollos удостоились менее суровых наказаний. Мартину Кортесу, второму маркизу дель Валье, и его брату Луису приказали вернуться в Испанию и предстать перед советом по делам Индий в качестве политических заключенных^>244. Луис был вынужден отслужить десять лет в Оране. Маркиза Мартина освободили от ответственности, но потребовали от него остаться в Испании. Его другого брата, Мартина эль-Бастардо, по-видимому, пытали, но позднее выпустили из тюрьмы, ибо, по словам вице-короля, «он мало в чем виновен»