На этой истории стоило остановиться столь подробно даже независимо от дела Каплан и его роли в начале кампании «красного террора». Здесь один из первых ключевых узлов сложной истории взаимодействия советской власти и ее служб госбезопасности. Это был недолгий период романтически-кровавой фазы советской истории, и часть руководства ЧК еще считала себя носителем некоей революционной истины, имеющей право столь яростно оспаривать решение верховной власти в Кремле, видимо полагая это право происходящим от собственных заслуг в революции и определенного стиля военной демократии ленинской Советской России. Очень скоро таким отношениям придет конец, и власть просто встроит органы советской госбезопасности в свою машину в качестве послушного механизма. В истории же с Петерсом и Каплан упрямство законника в чекистской кожанке было сломлено еще быстрее. Уже утром 3 сентября на Лубянку явился конвой во главе с комендантом Кремля Мальковым и едва ли не силой по указанию Свердлова отобрал арестованную у чекистов Петерса, продолжавшего твердить о букве закона и необходимости продолжать следствие. Петерс так с этим и не смирился, от ВЧК решение о расстреле подписывал вместо него член коллегии этой спецслужбы Варлам Аванесов, перед уходом в чекисты работавший как раз при Свердлове во ВЦИК одним из свердловских заместителей.

В свете этого спора становится понятно, почему Каплан вопреки очевидной логике и практике тех лет расстреливали в Кремле не чекисты, а кремлевский комендант из революционных матросов Мальков и зачем-то увязавшийся с ним участвовать в казни женщины пролетарский поэт Демьян Бедный. Каплан была расстреляна в тот же день, ее тело Мальков сжег в кремлевской подсобке, любознательный поэт Демьян Бедный при этом упал в обморок, а масса вопросов и недоговоренностей в этом деле осталась, порождая все новые версии о заговорах.

В том числе, например, и довольно экстравагантную версию о заговоре против Ленина самого Свердлова, о борьбе фракций в верхушке большевиков (наиболее расширенно эту версию разрабатывал историк советских спецслужб Ю.Г. Фельштинский, полагая главным подозреваемым именно Свердлова), в которой ЧК могла и не участвовать, а потому так сопротивляться свердловским инициативам быстрого расстрела. И сейчас странная позиция Свердлова, едва ли не одновременно с прозвучавшими на заводе Михельсона выстрелами в партийного вождя озвучившего обвинение партии эсеров, а затем столь истово настаивавшего на свертывании дела и расстреле Каплан, вкупе со странной историей с сейфом Свердлова, приковывают к нему внимание многих исследователей как к подозреваемому в организации этого покушения на Ленина:

«Так почему же Свердлов так торопился? Почему так старательно заметал следы? Одни считают, что убивать Ленина никто не собирался, а его кровь надо было пролить для того, чтобы организовать красный террор. Другие уверены в том, что Свердлову, в руках которого к лету 1918 года была сосредоточена вся партийная и советская власть, необходимо было стать еще и Председателем Совнаркома, то есть главой правительства, а эту должность занимал Ленин. Вот Свердлов с помощью преданных ему и недовольных Лениным лиц из чекистской верхушки и организовал Ильичу, как тогда говорили, «почетный уход из жизни смертью Марата». Подчеркиваю, это – версии, правда никак не опровергнутые, но всего лишь версии. Я ни в одну из них не верил, пока не обнаружил в одном из архивов уникальный по своей мерзости документ. Оказывается, еще в 1935 году, то есть через шестнадцать лет после довольно странной смерти Свердлова от испанки, тогдашний нарком внутренних дел Генрих Григорьевич Ягода (он же Енох Гершенович Иегуда) решился вскрыть личный сейф Свердлова. То, что Ягода в нем увидел, повергло его в шок, и он немедленно отправил Сталину секретную записку, в которой сообщал, что в сейфе обнаружено: «Золотых монет царской чеканки на 108 525 рублей, 705 золотых изделий, многие из которых с драгоценными камнями. Чистые бланки паспортов царского образца, семь заполненных паспортов, в том числе на имя Я.М. Свердлова и его родственников. Кроме того, царских денег на сумму 750 тысяч рублей…» Так что дыма без огня не бывает. Один из большевистских вождей по фамилии Свердлов на поверку оказался то ли взяточником, то ли коррупционером… Нет никаких сомнений, что, как только у стен Москвы оказался бы первый казачий разъезд, человек с партийной кличкой Макс, он же Малыш, Андрей и Махровый, открыл бы свой неприметный сейф, побросал бы его содержимое в чемодан и рванул бы туда, где не требуют партийных характеристик, а интересуются лишь суммой банковского счета».