В первую очередь мятеж ударил по большевикам, начался террор и репрессии. Активные участники и пособники мятежа захватили особый отдел и ревтрибунал.

В трюм «Петропавловска» бросили 150 арестованных, на «Севастополе» – 60, 300 партийцев было отправлено в кронштадтскую следственную тюрьму.

Как показала перерегистрация Кронштадтской организации РКП(б) после мятежа, 135 человек ушли на нелегальное положение и вели подпольную работу. Не удалось сломить и брошенных в следственную тюрьму, в одной из общих камер узники организовали выпуск газеты, которая энергично разъясняла смысл кронштадтских событий. Несмотря на жестокие угрозы, репрессии, коммунисты, рискуя жизнью, общались с обманутыми моряками, а позднее, уже во время штурма, была сделана попытка установить связь с партийной организацией наступавшей на Кронштадт 7-й армии.

В ответ на арест коммунистов в Кронштадте «Известия ВЦИК» 5 марта сообщили об аресте в Петрограде в качестве заложников взрослых членов семей генералов и офицеров, активно участвовавших в восстании, заложниками объявлялись и арестованные подозрительные личности.

Под покровом ночи 2 марта многие активные работники во главе с комиссаром Кронкрепости товарищем Громовым и даже вся партийная школа в составе ста человек, с винтовками, пулеметами и патронами, решили покинуть крепость. Вышли организованно, готовые к бою. У 2-го артдивизиона увидели, как ездовые закладывают лошадей, чтобы куда-то ехать. Решение было принято мгновенно: погружены пулеметы, патроны, и все 165 человек через Цитадельные ворота выехали на лед в сторону Ораниенбаума.

Кстати сказать, никаких массовых расстрелов в Ораниенбауме, как хотелось бы мятежникам и о чем они сообщали в своих «Известиях», не было. Например, в 1-м Морском воздушном дивизионе, проголосовавшем за кронштадтскую «резолюцию», было арестовано всего 115 человек, около половины личного состава, а ликвидировано из них строго по приговору ревтрибунала только пятеро, во главе с командиром дивизиона Колесовым, а 110 вскоре вернулись в свою часть и хорошо еще потом дрались в составе 7-й армии, громя мятежников.

Покачнувшиеся коммунисты, те, что остались в крепости, образовали «временное бюро Кронштадтской организации РКП», выпустившее воззвание, поддерживающее «ревком» и все его мероприятия.

Последними в следственную тюрьму были брошены матросы с буксира «Тосно», обламывавшего лед вокруг линкоров. Оба дредноута стояли близко, мешая друг другу стрелять, да еще и стенка мешала обоим. Но вывести корабли на свободный рейд не удалось: буксир ломал лед, а лед ломал ему винты, ну а когда лопнул главный вал машины, «ревком» посчитал всю эту демонстрацию чистейшим саботажем, моряков бросили в тюрьму, а линкоры остались на приколе.

Чтобы не уронить себя в глазах страны, в надежде на поддержку, мятежники по радио объяснили «пролетариату всех стран», что белогвардейские офицеры ими не командуют и что никаких связей с заграницей восставшие не поддерживают. Но уже в ближайшие дни «пролетариат всех стран» мог увидеть, как все больше и больше забирал власть генерал Козловский, а отсутствие в крепости запасов продовольствия вынудило начать переговоры с американцами о возможности поставок. На американских складах Красного Креста в Финляндии лежало сто тысяч пудов муки, многие тысячи пудов сгущенного молока, сала, сахара, сушеных овощей и даже 150 пудов яичного порошка. Только Финляндия, дорожа своей независимостью, от посредничества воздержалась, и продуктов на остров попало лишь 400 пудов; за два дня до подавления мятежа солдаты, матросы и рабочие Кронштадта по литеру «А» получали по четверти фунта хлеба или полфунта галет и по одной банке мясных консервов на четверых, остальным жителям вместо хлеба и галет выдавали один фунт овса в день.