В тот же день у Шеклтона началось кровотечение при кашле, и товарищи не позволили ему далее тащить сани и исполнять тяжелую работу. Он продолжал все же идти, делая по 15–16 км в день, но в своем дневнике отмечает лишь, что «чувствовал себя не совсем хорошо», и жалуется на то, что другие принуждены делать его работу и он не в состоянии им помогать. Они относились к нему с преданностью и сочувствием истинных друзей. Через две недели удалось добраться до второго склада продуктов, и пищи тогда было уже достаточно. Вскоре появились на горизонте и знакомые холмы окрестностей зимовки. Шеклтону становилось с каждым днем все хуже и хуже, но он старался побороть болезнь и не сдавался. Это кошмарное путешествие кончилось 3 февраля, когда их встретили на льду Скилтон и Берначчи и помогли им добраться до судна.

Вспомогательное судно «Морнинг» пришло из Англии и привезло из дому письма. Однако удовольствие получить их было для Шеклтона омрачено тем обстоятельством, что капитан Скотт решил, основываясь на заключении врача, отправить его из-за болезни домой. На его место был взят с «Морнинга» лейтенант Мулок. Это было горчайшим разочарованием в жизни Шеклтона. Он чувствовал, что припадок цинги, испытанный им, был не серьезнее, чем у других, и что через месяц спокойной жизни он вполне мог оправиться. Но он сознавал, что дисциплина заставляет подчиниться распоряжению начальника беспрекословно, и только решил про себя, что постарается доказать впоследствии свою полную пригодность к полярным путешествиям.

По возвращении в Англию Шеклтону, как первому вернувшемуся участнику экспедиции «Дискавери», пришлось сделать ряд докладов и сообщений в Королевском географическом обществе о первом периоде работ экспедиции и о сделанных уже открытиях. Здесь ему удалось не только познакомиться с целым рядом наиболее выдающихся научных деятелей и путешественников, но и зарекомендовать себя превосходным лектором и докладчиком. Несколько месяцев он был занят этими отчетами и организацией второго вспомогательного рейса для экспедиции «Дискавери». Первоначально судно «Морнинг» было одно отправлено на помощь «Дискавери», но затем решили послать еще и второе судно, и с этой целью была приобретена большая деревянная паровая шхуна – тюленебой «Teppa-Нова», и Шеклтону было поручено наблюдать за переделкой и снаряжением ее. В конце августа шхуна эта отправилась в путь (для скорости на буксире) через Гибралтарский пролив и Суэцкий канал.

Тесная связь с Королевским географическим обществом, блестящий доклад, сделанный на собрании Британской научной ассоциации в Соуспорте, и ряд других выступлений Шеклтона создали ему такую широкую популярность, что, когда в Королевском Шотландском географическом обществе открылась вакансия секретаря общества, место это было предложено ему. Он принял предложение и переселился в Эдинбург. В этом же 1904 году Шеклтон женился на Эмилии Дорман.

В Эдинбурге молодой, энергичный секретарь сумел расшевелить несколько заглохшее географическое общество и вдохнуть в него новую жизнь. За год своей службы он привлек большое число новых членов в общество, поднял его издательскую деятельность, организовал целый ряд научных экспедиций, заседаний, докладов. Но в 1905 году наступили парламентские выборы. Шеклтон задумал сделать политическую карьеру и выступил в городе Дёнди в качестве кандидата в члены парламента от партии либерал-юнионистов. Политическая деятельность была, однако, несовместима со службой в географическом обществе, и ему пришлось оставить последнее, – за свою деятельность он получил благодарность совета общества и был избран его членом.